¿Algoritmo usado por PubChem para determinar la asignación de diseño 2D para las entradas de compuesto?

Question

La base de datos de PubChem proporciona estructuras 2D para entradas en sus Compuestos de la base de datos: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pubchem/Compound/ (ftp enlace para descargar ejemplos)

En el enlace que aparece a continuación, en virtud de la "NCBI generado registros" de la rúbrica, se menciona que el tratamiento de los datos de los registros para el Compuesto de la base de datos "incluye 2D coordinar el diseño de asignación": https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/subcmpd_summary_page_help.html#DataProcessing

¿Qué algoritmo PubChem utilizar para generar estas estructuras 2D?

Estoy familiarizado con algoritmos similares utilizados en RDKit (por ejemplo, compute2dCoords definido en rdkit/Code/GraphMol/Depictor/RDDepictor.cpp), pero estoy especialmente interesado en un recurso que se describe el algoritmo que PubChem usos.

Muchas gracias!

Answer 1

De acuerdo a Xemistry, PubChem utiliza Cactvs para 2D coordinar la computación.

Un amigo lo señaló a mí. Si se desplaza a la parte inferior de la CACTVS kit de herramientas de preguntas frecuentes (FAQhttp://www.xemistry.com/docs.htm), que dice lo siguiente:

Interesante. Yo no sabía que PubChem está construido con Cactvs. Escuché fue implementado con OpenEye del OEChem de la biblioteca.

Bueno, que no está mal, pero sólo una parte de la historia. Ambos Cactvs y OpenEye software se utiliza, en combinación con el NCBI kit de herramientas. El Software integrado con Cactvs está a cargo de la estructura de presentación de pre-análisis, la estructura de entrada, la estructura ASN.1 de la codificación, 2D coordinar el cálculo, la estructura de la representación, a la mayor parte de los bienes de cómputos, de la estructura de la unificación, la estructura completa del sistema de búsqueda basado en la Web la estructura de bocetos para las consultas. El OpenEye kit de herramientas se utiliza para la estructura de la normalización, algunos propiedad de la computación (nombres, canónica SONRISAS), y la SD el archivo de salida. Hay aplicaciones en el NCBI, que vinculan a ambos OpenEye y Xemistry bibliotecas pueden coexistan pacíficamente.