En general, el hamiltoniano no es igual a la energía cuando las coordenadas dependen explícitamente del tiempo. Por ejemplo, podemos tomar el sistema de una cuenta de masa $m$ confinado en un anillo circular de radio $R$ . Si definimos el $0$ para el ángulo $\theta$ para ser el fondo del anillo, el Lagrangiano $$L=\frac{mR^2\dot{\theta}^2}{2}-mgR(1-\cos{(\theta)}).$$ El momento conjugado $$p_{\theta}=\frac{\partial L}{\partial \dot{q}}=mR^2\dot{\theta}.$$ Y el Hamiltoniano $$H=\frac{p_{\theta}^{2}}{2mR^2}+mgR(1-\cos{\theta}), $$ que es igual a la energía.
Sin embargo, si definimos el $0$ para que theta se mueva alrededor del anillo con una velocidad angular $\omega$ entonces el Lagrangiano $$L=\frac{mR^2(\dot{\theta}-\omega)^2}{2}-mgR(1-\cos{(\theta-\omega t)}). $$
El momento conjugado $$p_{\theta}=\frac{\partial L}{\partial \dot{q}}=mR^2\dot{\theta}-mR^2 \omega.$$
Y el Hamiltoniano $$H=\frac{p_{\theta}^{2}}{2mR^2}+p_{\theta}\omega+mgR(1-\cos(\theta-\omega t)), $$ que es no igual a la energía (en términos de $\dot{\theta}$ tiene una dependencia explícita de $\omega$ ).
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Una gran clase de estos ejemplos proviene del uso de un marco de referencia acelerado y/o en rotación. Véase, por ejemplo, Herbert Goldstein, "Classical Mechanics", capítulo 2.