La fórmula que querías utilizar te da la magnitud de la media velocidad no la media velocidad .
Para obtener la magnitud de la velocidad media, se toma el desplazamiento total (¡que es un vector!), se divide por el tiempo total y se halla la magnitud de ese vector. Lo que se obtiene es:
$$\text{Magnitude of Average Velocity}= \biggl| \frac{\sum_i \vec{d}_i} {\Delta t_{\text{total}}} \bigg|=\bigg| \frac{\sum_i \vec{v}_i \Delta t_i} {\Delta t_{\text{total}}} \bigg|$$ Donde el $\vec{v}_i$ son las diferentes velocidades, $\Delta t_i$ son las cantidades de tiempo pasadas a cada velocidad, $\vec{d}_i$ son los desplazamientos individuales ,y $\Delta t_{\text{total}}$ es la cantidad total de tiempo.
Para obtener la velocidad media, se toma la magnitud de los vectores de desplazamiento individuales, entonces sumarlos y promediarlos, dando esta fórmula: $$\text{Average Speed=} \frac{\sum_i |\vec{d}_i|} {\Delta t_{\text{total}}} = \frac{\sum_i |\vec{v}_i| \Delta t_i} {\Delta t_{\text{total}}} $$
La diferencia es el orden en que se toma el valor absoluto y se hace la suma. Esto supone una gran diferencia en algunos casos: la velocidad media de los átomos de helio en un globo inmóvil es $0$ pero la velocidad media puede ser de cientos de $m/s$ (dependiendo de la temperatura).