No sé realmente qué significa "más fácil": esto depende en gran medida de lo que se dé por sentado.
De todos modos, aquí hay una prueba elemental directa. En lo que sigue, $\Phi$ es un automorfismo de $M_N(\mathbb C)$ .
Denota por $(E_{i,j})_{1\leq i,j\leq N}$ la "base canónica" de $M_N(\mathbb C)$ . Si $(e_1,\dots ,e_N)$ es la base canónica de $\mathbb C^N$ entonces $$E_{i,j}e_k=\delta_{j,k}e_i\qquad\hbox{for $ i,j,k=1 \dots N $} ,$$ donde $\delta_{j,k}$ es el habitual "símbolo de Kronecker". Tenga en cuenta que $$e_k=E_{k,1}e_1\qquad\hbox{for $ k=1, \dots ,N $}. $$ También se puede $$F_{i,j}:=\Phi(E_{i,j})\, .$$
Por definición, el $E_{i,j}$ satisfacen las identidades $$E_{i,j}E_{k,l}=\delta_{j,k}E_{i,l}\, .$$
Desde $\Phi$ es un homomorfismo de álgebra, el $F_{i,j}$ satisfacen las mismas identidades, y son distintas de cero porque $\Phi\neq 0$ . En particular, $F_{k,k}$ es una proyección no nula para cada $k$ .
Elija cualquier vector no nulo $f_1$ en el rango de $F_{1,1}$ . Entonces $F_{1,1}f_1=f_1$ porque $F_{1,1}$ es una proyección. Ahora, defina $$ f_k:=F_{k,1}f_1\qquad\hbox{for $ k=1, \dots ,N $.}$$
Tenga en cuenta que $f_1,\dots ,f_N$ son linealmente independientes. En efecto, supongamos que $$\sum_{j=1}^N\lambda_j f_j=0 $$ para algunos escalares $\lambda_1,\dots ,\lambda_N$ . Aplicando $F_{1,k}$ y como $f_j=F_{j,1}f_1$ y $F_{1,k}F_{j,1}=\delta_{j,k}F_{1,1}$ para todos $j$ obtenemos $$0=\lambda_kF_{1,1}f_1=\lambda_kf_1\, , $$ para que $\lambda_k=0$ para $k=1,\dots ,N$ .
Así que sabemos que $(f_1,\dots ,f_N)$ es una base de $\mathbb C^N$ . Dejemos que $P$ sea la matriz invertible tal que $$f_k=Pe_k\qquad\hbox{for $ k=1, \dots ,N $.} $$
Denota por $\Phi_P$ el automorfismo de $M_N(\mathbb C)$ definido por $\Phi_P(X)=PXP^{-1}$ . Demostremos que $\Phi=\Phi_P$ .
Para ello, basta con comprobar que $\Phi(E_{i,j})=\Phi_P(E_{i,j})$ para todos $i,j\in\{ 1,\dots ,N\}$ y esto se puede hacer probando en los vectores $f_k$ . Por un lado, $$\Phi(E_{i,j})f_k=F_{i,j}f_k=F_{i,j}F_{k,1}f_1=\delta_{j,k}F_i,1f_1=\delta_{j,k}f_i\, ; $$ y por otro lado $$\Phi_P(E_{i,j})f_k=PE_{i,j}P^{-1}f_k=PE_{i,j}e_k=\delta_{j,k}Pe_i=\delta_{j,k}f_i\, . $$ Así que, efectivamente, tenemos $\Phi=\Phi_P$ .