¿Cómo hacer un archivo de entrada CP2K con Avogadro?

Question

Estoy tratando de aprender a trabajar con CP2K y ahora necesita hacer su archivo de entrada. CP2K tiene tipo de adaptador para Avogadro2 pero no de Avogadro (no sé lo que es la relación entre ellos!). También probé ese plugin de adaptador con Avogadro2 pero no funciona para mí (probado en Yosemite de Mac OS X y Windows 7).

He buscado mucho pero parece que no es posible hacer entradas CP2K de Avogadro. ¿Existe alguna?

Answer 1

Si usted mira la CP2K sitio web, usted verá que las coordenadas son sólo una pequeña fracción del archivo de entrada. La mayoría de es un texto que describe cómo un cálculo se deben ejecutar.

Las partes principales de una de las coordenadas perspectiva de tener este aspecto:

&CELL
  ABC 12.4138 12.4138 12.4138
&END CELL
&COORD
  O      12.235322       1.376642      10.869880
  H      12.415139       2.233125      11.257611
  H      11.922476       1.573799       9.986994
&END COORD

Como se ve, estas son las coordenadas Cartesianas de los átomos (en el espacio normal) y la celda unidad de vectores. Puede guardar el archivo en .XYZ formato o utilizar una entrada de generador como GAMESS o de Gauss para obtener estas coordenadas.

Si quieres un periódico límite de cálculo, usted sólo necesita estimar el tamaño del cuadro delimitador. Usted puede hacer esto manualmente, o usted puede ir a la Cristalografía | Add de la Celda Unidad y, a continuación, ajustar el volumen. En Avogadro v1.1.x, verás el ABC de celosía vectores necesarios para que CP2K bloque.

Como pudiera parecer, Avogadro2 será v2.0 de Avogadro. Aún está en desarrollo.

Answer 2

Hay un experimentalmente CP2K de entrada de un generador de Avogadro 1.1 en https://github.com/brhr-iwao/libavogadro1cp2k

Es fácil de instalar si el uso de Avogadro 1.1.1 para Windows, sólo para descargar cp2kinputextension.dll desde el sitio anterior y ponerlo en la C:\Program Files\Avogadro\lib\avogadro\1_1\extensiones de la carpeta en su PC.

Ahora libavogadro1cp2k es todavía en la fabricación y su función puede ser insatisfactorio.

Pero usted puede editar sus generado el archivo de entrada. Será más fácil de hacer CP2K archivo de entrada a partir de cero.