Si interpretamos la integral en el OP como ordinaria de la superficie de la integral, entonces
$$\begin{align}
3 \int_S z\,dx\,dy &=3\int_{-1}^1\int_{-\sqrt{1-y^2}}^{\sqrt{1-y^2}}\sqrt{1-x^2-y^2}\,dx\,dy+3\int_{-1}^1\int_{-\sqrt{1-y^2}}^{\sqrt{1-y^2}}\left(-\sqrt{1-x^2-y^2}\right)\,dx\,dy\\\\
&=0
\end{align}$$
donde se explota la simetría señalar que $\int_S x\,dy\,dz=\int_S y\,dz\,dx=\int_S z\,dx\,dy$.
Y hemos terminado!
Sin embargo, si interpretamos la integral en el OP para ser equivalente a la superficie cerrada integral se expresa como
$$\int_S x\,dy\wedge dz+y\,dz \wedge dx+z\,dx \wedge dy=\oint_S \vec r\cdot \hat n\,dS \tag 1$$
luego podemos aplicar el Teorema de la Divergencia para el lado derecho de la $(1)$ a revelar
$$\begin{align}
\oint_S \vec r\cdot \hat n\,dS &=\int_V \nabla \cdot \vec r\,dV\\\\
&=\int_V 3\,dV\\\\
&=3\frac{4\pi}{3}\\\\
&=4\pi
\end{align}$$
Alternativamente, se puede evaluar la integral de superficie directamente como
$$\begin{align}
3\oint_S z\,n_z\,dS&=3\int_{-1}^1\int_{-\sqrt{1-y^2}}^{\sqrt{1-y^2}} \sqrt{1-x^2-y^2}\,dx\,dy\\\\
&+3\int_{-1}^1\int_{-\sqrt{1-y^2}}^{\sqrt{1-y^2}}\left(- \sqrt{1-x^2-y^2}\right)\,(-1)\,dx\,dy\\\\
&=6 \int_0^{2\pi}\int_0^1 \sqrt{1-\rho^2}\,d\rho\,d\phi\\\\
&=4\pi
\end{align}$$
como se esperaba!