Yo aviso cuando con SONRISAS o un nombre de la IUPAC para muchas moléculas y la generación de ellos en Chembio3D y, a continuación, ejecuta MM2 > Minimizar la Energía, de las estructuras producidos son la mayoría del tiempo no reflexiones de cualquier conformación observada fisiológicamente.
Me pregunto si hay una manera de que me puede importar de proteínas y otras macromoléculas en Chembio3D, tal vez a partir de una base de datos en algún lugar, donde puedo ver su disposición exacta como se encuentra en la cristalografía o en vivo en sus formas habituales a pH fisiológico. Lo que es más importante, las proteínas que necesita para ser exactos (algo que me parece carente de cuando la generación de estructuras por su nombre en chemdraw/chembio3d).
Agradezco que las proteínas y otras moléculas están siempre cambiando la conformación y la interacción con otras moléculas, pero al menos una predicción razonable de algunos realistas conformaciones para verlos en 3D sería bueno, en lugar de conformaciones en las que rara vez/nunca existe en una celda. Es esto posible? Y si es así, ¿cómo debo proceder? Cuáles serían los pasos específicos que se deben seguir para la importación de estas proteínas en Chembio3D?
