El problema general es que usted no puede conectar tu ecuaciones de movimiento en el Lagrangiano y , ingenuamente, esperar a recibir la misma ecuaciones de movimiento de vuelta de nuevo. ¿Por qué no? Veamos su ejemplo específico.
Para la historia habitual de empezar con
$$ L = \frac12 m (\dot r^2 + r^2\dot\theta^2) - V(r) . $$
Encontramos que el momento angular, que se define por $\ell=m r^2\dot\theta$, se conserva de manera que la ecuación de movimiento para la coordenada radial es
$$ m \ddot r - \frac{\ell^2}{m r^3} + \frac{\partial V}{\partial r} = 0. $$
Ahora, desea conectar $\ell$ nuevo en el Lagrangiano. Si hacemos lo que tenemos
$$ L = \frac12 m \left( \dot r^2 + \frac{\ell^2}{m^2 r^2} \right) - V(r). $$
Ingenuamente, si calculamos la ecuación de movimiento de este Lagrangiano que lo vamos a conseguir el signo opuesto al de la $\ell^2/m r^3$ plazo. Esto no es correcto!
Recordemos que cuando llamamos a $\ell$ una conserva de la cantidad que queremos decir es una constante en el tiempo, que es $\dot\ell=0$. Explícitamente la escritura de Euler-Lagrange las ecuaciones tenemos
$$ \frac{\mathrm{d}}{\mathrm{d}t}\left[ \left( \frac{\partial L}{\parcial\dot r} \right)_{r,\theta,\dot\theta} \right]
- \left( \frac{\partial L}{\partial r} \right)_{\dot r,\theta,\dot\theta} = 0.$$
Aquí he incluido el recordatorio de que cuando tomamos derivadas parciales queremos decir que "todo lo demás" es constante y lo que "todo lo demás". Para el problema en cuestión tenga en cuenta que
$$ \frac{\partial\ell}{\partial r} = \frac{2\ell}{r} \ne 0 $$
así que no es una constante en general. Manteniendo este en mente, podemos hacer llegar la correcta ecuación de movimiento (como se debe).