La temperatura es un concepto macroscópico, por lo que es inevitable encontrarse con algunos problemas cuando se aplica a escala molecular (lo que hace temperatura y el equilibrio (o para el caso, la fricción) incluso significan en un nivel tan pequeño).
Un equilibrio térmico no significa que todas las moléculas tengan la misma energía. La distribución de sus energías tiene este aspecto (distribución normal):
(fuente: <a href="https://www.oswego.edu/~srp/stats/images/normal_34.gif" rel="nofollow noreferrer">oswego.edu </a>)
Aquí $\mu$ es la energía media y $\sigma$ describe la gama de energías. Por ejemplo, el 68% de las moléculas tienen una energía entre $ E = \mu - \sigma$ y $ E = \mu + \sigma$ .
Digamos que, por ejemplo, la energía necesaria para la evaporación es $ E = \mu + 2 \sigma$ . Eso significa que en su fluido todo a la derecha de $x =\mu +2 \sigma$ se ha ido. Debido a las colisiones aleatorias, la energía se redistribuye y volverá a formar una distribución normal. Pero como las moléculas con mayor energía se han perdido, el pico de esta distribución estará en $x$ que el original. En pocas palabras, eso significa que el líquido o el gas se ha enfriado.
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¿Y la entropía del entorno?
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Parece que ignoras que la ley "la entropía siempre aumenta o como mucho se mantiene constante" sólo se aplica a los sistemas cerrados. Cuando un sistema es abierto, la entropía puede disminuir. Los cristales que salen de una solución han disminuido la entropía, ya que están muy ordenados. Sin embargo, la entropía solución+cristal ha aumentado por el gran número de microestados. Todos los seres vivos, desde los cultivos monocelulares hasta los humanos, viven con una entropía decreciente dentro de su volumen, pero son sistemas abiertos.
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@annav: Eso serviría como una buena respuesta ;-)