Si se define la varianza como $s^2_{n}=$$\,\text{MSE}\,$$=\frac1n \sum_{i=1}^n (x_i-\bar{x})^2$ -- similar a la varianza de la población pero con la media de la muestra para $\mu$ entonces ambas muestras tendrían la misma varianza.
Así que la diferencia se debe puramente a La corrección de Bessel en la fórmula habitual de la varianza muestral ( $s^2_{n-1}=\frac{n}{n-1}\cdot \text{MSE}=\frac{n}{n-1}\cdot \frac1n \sum_{i=1}^n (x_i-\bar{x})^2=\frac{1}{n-1}\sum_{i=1}^n (x_i-\bar{x})^2$ que se ajusta al hecho de que el muestra La media está más cerca de los datos que la media de la población, para que sea insesgada (tomando el valor correcto "en promedio").
El efecto desaparece gradualmente al aumentar el tamaño de la muestra, ya que $\frac{n-1}{n}$ pasa a 1 como $n\to\infty$ .
No hay ninguna razón particular por la que tengas que usar el estimador insesgado para la varianza, por cierto -- $s^2_n$ es un estimador perfectamente válido, y en algunos casos puede tener ventajas sobre la forma más común (la insesgadez no es necesariamente tan importante).
La varianza en sí misma no es una medida directa de la dispersión. Si duplico todos los valores de mi conjunto de datos, sostengo que son dos veces más "dispersos". Pero la varianza se multiplica por 4. Por eso, lo más habitual es decir que la desviación estándar, y no la varianza, es una medida de la dispersión.
Por supuesto, el mismo problema ocurre con la desviación estándar (la habitual $s_{n-1}$ versión) como con la varianza -- cuando se duplican los puntos la desviación estándar cambia, por la misma razón que ocurre con la varianza.
En muestras pequeñas, la corrección de Bessel hace que la desviación estándar sea algo menos intuitiva como medida de dispersión debido a ese efecto (que al duplicar la muestra cambia el valor). Pero muchas medidas de dispersión conservan el mismo valor cuando se duplica la muestra; mencionaré algunas --
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$s_n$ (por supuesto)
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la desviación media (absoluta) de la media
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la desviación (absoluta) de la mediana
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el rango intercuartil (al menos para algunas definiciones de los cuartiles de la muestra)