Deje $S$ ser dada por
$$S=\sum_{n=1}^\infty \frac{(-1)^n}{n}\sum_{k=1}^n \frac{(-1)^k}{k}\tag1$$
Nos puede intercambiar el orden de la suma de $(1)$ y expresar $S$
$$S=\sum_{k=1}^\infty \frac{(-1)^k}{k}\sum_{n=k}^\infty \frac{(-1)^n}{n} \tag2$$
con lo cual la conmutación de "dummy" suma de los índices en $(2)$ rendimientos
$$\begin{align}S&=\sum_{n=1}^\infty \frac{(-1)^n}{n}\sum_{k=n}^\infty \frac{(-1)^k}{k}\\\\
&=\sum_{n=1}^\infty \frac{(-1)^n}{n}\left(\sum_{k=1}^\infty \frac{(-1)^k}{k}-\sum_{k=1}^{n-1} \frac{(-1)^k}{k}\right)\\\\
&=\log^2(2)-\sum_{n=1}^\infty \frac{(-1)^n}{n} \sum_{k=1}^{n-1} \frac{(-1)^k}{k}\\\\
&=\log^2(2)-S+\sum_{n=1}^\infty\frac{1}{n^2}\tag3
\end{align}$$
El uso de $\sum_{n=1}^\infty\frac{1}{n^2}=\frac{\pi^2}{6}$ $(3)$ y resolviendo $S$ encontramos
$$\bbox[5px,border:2px solid #C0A000]{S=\frac12 \log^2(2)+\frac{\pi^2}{12}}\tag 4$$
NOTA:
El resultado en $(4)$ no es sorprendente, dada la simetría. Podemos escribir en general
$$\begin{align}
\left(\sum_{n=1}^\infty a_n \right)^2&=\sum_{n=1}^\infty a_n \sum_{k=1}^\infty a_k\\\\
&=2\sum_{n=1}^\infty a_n \sum_{k=1}^{n} a_k-\sum_{n=1}^\infty a_n^2
\end{align}$$
que se vuelve a reorganizar
$$\sum_{n=1}^\infty a_n \sum_{k=1}^{n} a_k=\frac12 \left(\sum_{n=1}^\infty a_n \right)^2+\frac12 \sum_{n=1}^\infty a_n^2$$
Por último, el establecimiento $a_n=\frac{(-1)^n}{n}$, recuperamos el resultado en $(4)$.