Realmente me encanta esta pregunta porque obviamente eres un estudiante inteligente, pero tienes una idea equivocada que veo en mis estudiantes de cálculo multivariable todo el tiempo. Tienes la idea correcta de función: "sólo valores de entrada y salida" (¡no ¡variables!) Está bien, la definición es más precisa, pero el resto de tu pregunta muestra que sabes qué es una función.
Lo que veo que haces es identificar funciones con curvas, especialmente curvas que son gráficos de funciones. Tu pregunta misma -"¿Por qué una elipse no es una función?" lo muestra. Cuando se lee precisamente, la forma obvia de responder esta pregunta es, "Porque una elipse es un tipo de curva, y una función es [usando tus palabras] solo valores de entrada y salida."
Hasta que se introducen funciones de más de una variable, prácticamente tratamos a una función (de una variable) como idéntica a su gráfico. Nuestras ideas intuitivas sobre límites, continuidad, derivadas, todo, se basan en nociones geométricas sobre el gráfico de una función. Y poder graficar funciones rápidamente requiere un tipo de índice mental de qué tipos de funciones tienen qué tipos de curvas como sus gráficos.
El problema con las funciones de dos variables $f(x,y)$ es que hay más de una forma de representar la función. El gráfico $\left\{(x,y,z) \mid z = f(x,y)\right\}$ es una forma de hacerlo. Pero es una superficie en el espacio. Esa superficie sí pasa la prueba de la línea vertical, porque en este caso vertical significa paralelo al eje $z$. Por ejemplo, si $f(x,y) = \frac{x^2}{9} + \frac{y^2}{4}$, el gráfico es un paraboloide.
Otra forma de representar una función de dos variables es mediante su gráfico de contorno. Un gráfico de contorno dibuja en el mismo plano varias curvas de nivel de la forma $f(x,y) = c$, para diferentes valores de $c$. Por ejemplo, si $f(x,y) = \frac{x^2}{9} + \frac{y^2}{4}$, las curvas de nivel tienen la ecuación $\frac{x^2}{9} + \frac{y^2}{4}=c$, y por lo tanto son elipses.
La prueba de la línea vertical no tiene ningún significado aquí, porque no estamos mirando el gráfico de una función, estamos mirando su dominio. La propiedad geométrica que caracteriza "función" en un gráfico de contorno es que las curvas de nivel para dos valores diferentes no se intersecan. Porque si las curvas de nivel para $1$ y $2$ se intersecaran en $(a,b)$, entonces $f(a,b)=1$ y $f(a,b)=2$, lo cual no tiene sentido.
Como dijo DavidK en su comentario: "Si las cosas comienzan a complicarse, a veces podemos aclarar la confusión siendo muy explícitos acerca de lo que exactamente queremos decir". Una función no es lo mismo que su gráfico, ni es lo mismo que sus curvas de nivel.
Creo que es aún peor para mis pobres estudiantes de Cálculo III, quienes tienen que integrar funciones de tres variables sobre sólidos tridimensionales. ¡Allí es imposible pensar en gráficos, porque el gráfico de una función de tres variables está en un hiperespacio de cuatro dimensiones! En cambio, es mejor pensar en una función como midiendo la "densidad" de un punto en el sólido.
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Las "funciones" a las que sigues refiriéndote son las "funciones" para $y$ en términos de $x$. Estos $f$ que defines simplemente describen las relaciones entre $x$ e $y$.
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Esas funciones $ f(x, y) $ son funciones, pero no describen una elipse. Ahora $ f(x, y) = 10 $ describe una elipse, pero $ f(x, y) $ no lo hace.
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@KimJongUn: Uh, no creo que $f$ "describe la relación entre $x$ e $y".... $x$ e $y$ son variables independientes.
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@Mehrdad Creo que no entiendes lo que quise decir. Obviamente, el OP definió estos $f$ para que eventualmente diga, por ejemplo, la elipse es el conjunto de $(x,y)$ que satisfacen $f(x,y)=3$.