El SQL de OGR es sólo para consultas estándar de atributos, y no para consultas espaciales.
http://www.gdal.org/ogr/ogr_sql.html
Las únicas consultas relacionadas con la geometría que se pueden ejecutar son las consultas por área utilizando la palabra clave OGR_GEOM_AREA
SELECT * FROM nation WHERE OGR_GEOM_AREA > 10000000'
Si ejecuta OGR SQL contra una fuente de datos que es una base de datos, la consulta SQL se ejecuta utilizando la propia implementación SQL de la base de datos.
También puede pasar consultas espaciales directamente a una geodatabase utilizando la función EjecutarSQL en un OGRDataSource . Este método también permite pasar una caja de enlace como filtro.
Para realizar consultas tales como intersecciones con OGR necesitaría utilizar la función OGRGeometryClass . Personalmente me parece más fácil utilizar el código abierto Shapely para este tipo de consultas, o utilice las consultas espaciales de la base de datos geográfica subyacente (SQL Server, Oracle, PostGIS, etc.).