Estoy utilizando el plugin Zonal Stats en QGIS para extraer estadísticas ráster de polígonos superpuestos (tengo shapefiles de distribución de especies y quiero extraer datos ambientales del área de distribución de cada especie). Tengo unos 300 archivos de los que necesito obtener datos y me gustaría escribir un script para ejecutarlo en la consola de python, pero soy un completo novato con python y no tengo ni idea de cómo hacerlo.
El siguiente código me funcionó en QGis 1.8.0
Se podría modificar esto para acomodar múltiples archivos con algún bucle..
from qgis.analysis import QgsZonalStatistics
#specify polygon shapefile vector
polygonLayer = QgsVectorLayer('F:/temp/zonalstat/zonePoly.shp', 'zonepolygons', "ogr")
# specify raster filename
rasterFilePath = 'F:/temp/zonalstat/raster1.tif'
# usage - QgsZonalStatistics (QgsVectorLayer *polygonLayer, const QString &rasterFile, const QString &attributePrefix="", int rasterBand=1)
zoneStat = QgsZonalStatistics (polygonLayer, rasterFilePath, 'pre-', 1)
zoneStat.calculateStatistics(None)
zoneStat = QgsZonalStatistics (polygonLayer, rasterFilePath, 'pre-', 1)
zoneStat.calculateStatistics(None)calcula por defecto sólo el recuento, la suma y la media (como puede deducirse de Raster -> Zonal Statistics en QGIS Desktop, puede hacer mucho más).
Si, por ejemplo, quieres calcular sólo la media que tienes que utilizar:
zoneStat = QgsZonalStatistics (polygonLayer, rasterFilePath, 'pre-', 1, QgsZonalStatistics.Mean)
zoneStat.calculateStatistics(None)véase API para todas las opciones.
¿Puede alguien ayudarme con la sintaxis para obtener dos estadísticas a elección, digamos Mín y Máx, al mismo tiempo? He estado probando diferentes maneras pero sin éxito
En Qgis 3 debe sustituir la ruta del archivo raster por el propio archivo raster. Por lo tanto, rasterFilePath = 'F:/temp/zonalstat/raster1.tif' se convierte en: rasterFile = QgsRasterLayer('F:/temp/zonalstat/raster1.tif', 'raster') Luego se cambia rasterFilePath por rasterFile en el comando zoneStat zoneStat = QgsZonalStatistics (polygonLayer, rasterFile, 'pre-', 1) zoneStat.calculateStatistics(None)
Esta es la manera de conseguir lo que quieres en SAGA GIS. Probablemente no es la solución que quieres, pero funciona. Investigaré las razones por las que mis plugins fallan y lo actualizaré tan pronto como sea posible.
Instalar SAGA GIS (también debería estar disponible a través de apt-get o aptitudbe en su distribución de linux).
Esto funciona para el conjunto de datos que me enviaste. También es posible llamar a los módulos SAGA en QGIS a través de SEXTANTE como un proceso BATCH. Para ello basta con activar los módulos SAGA en las opciones de SEXTANTE.
Gracias por la sugerencia, pero ya he probado con Saga y los resultados que ha producido son incoherentes, es decir, si hago lo mismo dos veces, los resultados son diferentes. Sé que el plugin ZonalStats en QGIS funciona, por lo tanto estoy después de una manera de automatizar ZonalStats.
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Posible duplicado de Ejecución de un script de Python para extraer datos rasterizados en QGIS
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Chad: sí, es una pregunta similar pero más específica. Nadie ha respondido a la otra pregunta, sino que han sugerido otras formas de resolver el problema. No sé cómo borrar el otro post
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En la otra pregunta te indiqué un r-script capaz de lo que quieres y Sylvester Sneekly te nombró el método exacto en python. Si no estás acostumbrado a codificar ni en python ni en r, todas las pistas adicionales no te ayudarán. Necesitas un script codificado por ti mismo o un montón de clicks de ratón. Aprenda algo de codificación, pruebe los ejemplos y repórtese, si algo no funciona.
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@Curlew - El método de Sylvester, aunque suena muy bien, representaría una curva de aprendizaje masiva para mí y no tengo tiempo para hacerlo en este momento. Agradezco la ayuda de Sylvester pero no era la respuesta directa que buscaba. Pensé que tenía la mayor parte del código que buscaba en el post que mencioné en mi otra pregunta ( gis.stackexchange.com/questions/23203/ ). Si el método de Sylvester es la única manera de hacer esto en python tal vez subestimé lo difícil que sería.
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@Curlew - Tu script en R sí funciona, gracias. Lo único que tengo que resolver es cómo añadir los resultados devueltos en R al archivo .dbf para mis shapefiles (cualquier ayuda con esto sería muy apreciada).
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Bueno, la forma más fácil sería añadirlo a tu SpatialDataFrame cargado en R. Para ello tienes que hacer coincidir los datos con el id de los polgyons. A continuación, utilice la función writeOGR ("rgdal") para exportar la forma de nuevo. Sin embargo, Numpy es probablemente mucho más rápido en el procesamiento de grandes archivos raster. Echa un vistazo a mi plugin mencionado en el último comentario de mi respuesta en la otra pregunta.
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@Curlew - jugando con tu plugin. Se ve muy bien, pero no puede conseguir que funcione. Cada vez que trato de ejecutar la función de superposición de polígono landcover obtengo un error : replicamag.es/error_msg.txt
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Gracias por publicar (pero por favor escríbeme un correo -> ver perfil <- ya que esto va un poco lejos para tu pregunta). Veo que usas linux así que por favor envíame el número de versión de tu librería de imágenes de python. La mía es 1.1.7-4 y me funciona.