Esto empezó como comentario, pero ahora mismo sólo tengo la reputación para contestar. Pero esto no es en absoluto una respuesta rigurosa.
Hay un par de supuestos en tu pregunta que no son estrictamente ciertos. Para empezar, pareces decir que cualquier valor definido de energía implicaría un valor definido de momento. Esto es cierto para una partícula completamente libre, pero ya no lo es para una partícula que sufre alguna interacción (¿dónde está la interacción, te preguntarás? Pues en el hecho de que está metida en una caja, claro).
Hay una forma sencilla y (en mi opinión) instructiva de ver esto. Si lo que dices fuera cierto, entonces los estados de energía definidos serían también sean los estados de momento definido. En otras palabras, satisfarían la ecuación de valores propios $$\hat{p}\psi_n = p_n\psi_n$$ donde $\hat{p}=\frac{\hbar}{i}\frac{d}{dx}$ es el operador de momento y $p_n$ es una constante (que representaría el momento medido). Comprobemos si es así. Los estados de energía definida vienen dados por
$$\psi_n = \sqrt{\frac{2}{L}}\sin\left(\frac{n\pi x}{L}\right)$$
La acción del operador de momento es
$$\hat{p}\psi_n = \frac{\hbar}{i} \sqrt{\frac{2}{L}} \frac{n\pi}{L} \cos\left( \frac{n\pi x}{L}\right) \neq p_n \psi_n$$
En otras palabras, los estados de energía definida son no estados de momento definido, ¡ya que el operador de momento no da la función de onda original multiplicada por una constante! Por supuesto, tienes razón en que el magnitud del impulso sería fijo.
Si sigues teniendo problemas con esto, aquí tienes un ejemplo semiclásico "intuitivo" y chapucero: supongamos que te doy una caja (¡unidimensional!) con una partícula (de masa unitaria) dando tumbos constantemente en su interior. Te digo que he medido muchas veces la energía de esta partícula y siempre ha salido exactamente 8. Ahora te pido que me des su momento. "¡Ajá!", me dices, "cuando está dentro de la caja, no hay fuerzas que actúen sobre ella, por lo que la energía viene dada simplemente por:"
$$\frac{p^2}{2m} =\frac{p^2}{2} = 8$$
Por lo tanto, ¡el "impulso" es 4! Pero un momento, no sabes si rebota hacia la izquierda o hacia la derecha. En otras palabras, si es $+4$ o $-4$ ¡! El hecho de que la partícula interactúe con la pared es responsable de que su momento "cambie" de signo.
Del mismo modo, para la partícula en la caja, la magnitud del momento $|p|$ viene dado por
$$|p| = \pm \sqrt{2mE}$$
¿Cuál es la incertidumbre en $p$ ? Bueno, es simplemente $\Delta p = +|p| - (-|p|) = 2|p| = \frac{2 n\pi \hbar}{L}$ . ¿Qué pasa con la incertidumbre en $x$ ? Bueno, podría ser en cualquier parte de la caja, y así $\Delta x = L$ la longitud de la caja.
Intentemos encontrar
$$\Delta x \Delta p = 2n\pi \hbar > \frac{\hbar}{2}$$ para todos los valores de $n\geq 1$ .
Evidentemente, cuando $n=0$ esto ya no funciona. Podemos entenderlo de muchas maneras. Una forma sencilla sería darnos cuenta de que cuando $n=0$ la magnitud del momento es $0$ y, por tanto, no hay valores "positivos" y "negativos" que pueda tomar: lo más seguro es que tenga un momento exactamente igual a cero, sin incertidumbre. Esto estaría permitido, si no estuvieras en una caja. Sin embargo, al colocarse en una caja, lo que significa que $\Delta x < \infty$ , significa que necesariamente tienes un momento mínimo distinto de cero, utilizando el argumento que mencionaste antes.
Además, las matemáticas te dicen que un estado con $n = 0$ es el estado trivial $\psi_0(x) = 0$ . La integral mod-cuadrada de esta función es 0, lo que puede interpretarse como que dicha partícula simplemente no existe.