La existencia o no de una relación lineal no va necesariamente unida a la cointegración. Las variables cointegradas en niveles no necesariamente presentarán correlación en primera diferencia.
Supongamos que se mantiene la siguiente relación: $$y_t = a + b x_t + \varepsilon_t, \; \varepsilon_t=\text {i.i.d} $$
es decir, las variables están cointegradas. Entonces la relación
$$\Delta y_t = b \Delta x_t + \Delta \varepsilon_t$$
también tiene. Calculando la correlación muestral de las primeras diferencias estimaremos la Covarianza como
$$ \begin{align}\operatorname{\hat Cov}(\Delta y_t,\Delta x_t)=& \frac 1{T-1} \sum_{t=2}^{T}\left(b \Delta x_t + \Delta \varepsilon_t\right)\Delta x_t \\-&\left(\frac 1{T-1} \sum_{t=2}^{T}\left(b \Delta x_t + \Delta \varepsilon_t\right)\right)\left(\frac 1{T-1} \sum_{t=2}^{T}\Delta x_t\right)\end{align} $$
$$ \begin{align}=b\frac 1{T-1}& \sum_{t=2}^{T}\left(\Delta x_t \right)^2 + \frac 1{T-1} \sum_{t=2}^{T}\left(\Delta x_t \Delta \varepsilon_t\right) \\ -& b\left(\frac 1{T-1}\sum_{t=2}^{T} \Delta x_t\right)^2 -\left(\frac 1{T-1} \sum_{t=2}^{T}\Delta \varepsilon_t\right)\left(\frac 1{T-1} \sum_{t=2}^{T}\Delta x_t\right) \end{align}$$
En la medida en que $x_t$ y $\varepsilon_t$ son independientes, los términos que implican el error tenderán a desaparecer y así
$$ \operatorname{\hat Cov}(\Delta y_t,\Delta x_t)\rightarrow bs^2_{\Delta x_t} $$
donde $s^2$ es la varianza de la muestra (independientemente de que la varianza de $x_t$ o $\Delta x_t$ es constante o no).
La varianza muestral de $\Delta y_t$ será
$$s^2_{\Delta s_t} \approx b^2s^2_{\Delta x_t} + s^2_{\Delta \varepsilon_t}$$
de nuevo, independientemente de que estos momentos muestrales estimen algo significativo.
Así que $$\operatorname {\hat Corr}(\Delta y_t,\Delta x_t) \approx \frac {bs^2_{\Delta x_t}}{\sqrt {\left(b^2s^2_{\Delta x_t} + s^2_{\Delta \varepsilon_t}\right)}\sqrt {s^2_{\Delta x_t} }} = \frac {bs_{\Delta x_t}}{\sqrt {\left(b^2s^2_{\Delta x_t} + s^2_{\Delta \varepsilon_t}\right)}}$$
Así que la magnitud de la correlación de primeras diferencias estimada empíricamente, dependerá de la magnitud de la varianza del término de error (que además entra en la expresión duplicado ya que consideramos las primeras diferencias). Si esta varianza (constante) es grande comparada con la varianza de $x_t$ entonces la correlación estimada de las primeras diferencias puede ser pequeña o inexistente, aunque las variables estén cointegradas en niveles.