Los tres quarks que hablar son usualmente llamadas quarks de valencia de los protones, y su contribución a la masa del protón es, no es. En los aceleradores de partículas, cuando llegamos a los protones de alta energía vigas, descubrimos que los protones están hechas de un grupo de constituyentes más pequeños (como los quarks y los gluones, que constantemente se crean y se destruyen en pares de partícula-antipartícula.) A bajas energías, el protón parece ser de tres quarks, pero para la mayor energía de las colisiones, nos encontramos con que el protón está compuesto por cargas de tales partículas. Estas partículas constituyen la 'falta' de la masa del protón.
Edit: Mirando el protón como se trata de una partícula sería un error, porque se compone realmente de campos cuánticos. (como todo lo demás.) Estos campos 'actuar' de manera diferente dependiendo de la cantidad de energía que "la oferta" para observarlas. Para bajas energías, el protón se comporta como tres partículas, pero se puede observar que se ha hecho de una forma mucho más densa la mezcla a altas energías.
(Lo siento si he utilizado extrañas palabras como actuar y de suministro, QM y las palabras no van demasiado bien para mí.)