Lo que te falta es la definición microscópica de entropía, una vez que sepas eso, entenderás por qué la gente dice que la entropía es desorden.
Equilibrio como orden
Primero, abordemos tu intuición válida de que el equilibrio es una forma de orden. De hecho, si todo está en equilibrio térmico, solo necesitas medir la temperatura en algún lugar, y luego sabrás la temperatura de todo. En nuestro caso de desequilibrio, mi cuerpo, mi computadora portátil, la habitación, el espacio exterior, todos tienen diferentes temperaturas, y necesito más información para conocer el estado de todo, y siento que esto es menos "ordenado" que en el caso de equilibrio térmico.
Lo que sucede es que se necesita menos información corresponde a un mayor grado de orden. Bueno, tengamos eso en cuenta para lo siguiente.
Entropía es desorden microscópico
En Física, sabemos que las propiedades de objetos macroscópicos están determinadas por los movimientos de las partículas que los componen. En particular, la temperatura de un gas es el movimiento desorganizado de los átomos que lo componen.
A medida que aumentas la temperatura, los átomos se moverán de manera más errática, y tendrán diferentes velocidades en cualquier momento dado.
Al enfriarlo, las partículas se moverán más lento y más lento, hasta quizás se congelen en su lugar, formando un sólido.
¿Cuál de los dos - la estructura quietapaz de un sólido o el revuelo veloz de las partículas que forma un gas - te parece más _des_ordenado? Definitivamente el segundo. Sabes por termodinámica que el gas tiene mayor entropía que el sólido. De hecho, hay una fórmula precisa que vincula la variable de estado macroscópica $S$, entropía, y la concepción microscópica de desorden que describí.
Conclusión: las dos ideas son conciliables
En la proyectada "muerte térmica" del universo, en todas partes hay temperatura y densidad constantes. En ese sentido, el universo es homogéneo y, por lo tanto, ordenado. Pero microscópicamente - en los movimientos de las partículas - ese es el estado en el que hay menos orden: ninguna estructura en absoluto, solo una gran sopa de partículas revoloteantes.
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¿Por qué crees que equilibrio significa ordenado?
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y al final ... etc no es desde el principio.
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¿Te refieres no a la segunda ley?
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Sí, es un atajo. Más entropía es más "más o igual diversidad" que "más o igual desorden". El primero es objetivo, el segundo subjetivo
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@igael Para mí, el segundo es menos que subjetivo ... es sin sentido. Al menos para mí lo es. Nunca he podido entenderlo. Me gusta tu frase.
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@OP: Ten en cuenta que el equilibrio térmico y mecánico son dos cosas diferentes. Por lo general, este último está asociado con algún tipo de ordenamiento (espacial)
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Wow, ¡gran pregunta para despertar y tener largas discusiones :-)
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Sí, lo noté :D
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La entropía se define como el número de microestados y no considero el equilibrio como un término equivalente a "orden".
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Esencial: Entropía desmitificada: la segunda ley reducida a un sentido común simple por Arieh Ben-Naim.
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También: Entropía: Orden o Información (pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ed100922x).