Para hacer frente a este tipo de problemas, hay que tener cuidado de definir exactamente lo que sistema que está tratando, y luego no cambiar ese sistema en parte del problema. Esta definición te permite tener muy claro si el "sistema" tiene alguna fuerza externa actuando, y por tanto si el momento del sistema es constante o no.
En este caso, parece que defines el propio vagón como el sistema, pero luego hablas de que el vagón está ganando peso, lo que implica que la definición de lo que constituye el sistema del vagón está cambiando.
Probemos esto: el sistema es el propio vagón, sin ninguna masa extraviada que pueda añadirse. El vagón tiene una cierta cantidad de momento, y como no hay ninguna fuerza exterior de fricción, ese momento es constante.
Pero entonces empieza a llover. Ninguna de estas lluvias está incluida en el sistema aunque quede atrapado dentro del vagón. Pero al quedar atrapada, la lluvia que cae verticalmente también ejerce una fuerza horizontal sobre el sistema : ya sea impactando en la parte trasera del vagón en el aire, o golpeando el fondo, y fluyendo hacia la parte trasera del vagón. Todo esto significa que hay una fuerza externa ejercida por la lluvia sobre el sistema y el momento del sistema no se conserva.
Podemos empezar de nuevo: el sistema ahora se define incluyendo el vagón y toda el agua que cae verticalmente. Como la lluvia no tiene inicialmente ninguna velocidad horizontal, el momento total de este nuevo sistema es sólo el del vagón.
Ahora la lluvia empieza a golpear el carro. Pero bajo nuestra nueva definición, toda la lluvia que impacta es una fuerza interna, y no puede cambiar el momento total. Este nuevo sistema está aislado y el momento se conserva. Así que ahora, como cada vez más parte del sistema viaja con el vagón, éste debe reducir su velocidad. Internamente, el momento se está transfiriendo de la parte del vagón a la parte de la lluvia del sistema total.