Gran parte de la base de esta pregunta puede deberse a que el estudiante no prestó atención en la sección de historia del curso de RMN (y tampoco durante la parte de los detalles técnicos) pero, no obstante, la pregunta me parece intrigante.
Mi conocimiento básico de la historia de la espectroscopia de RMN es que en los días muy antiguos, casi prehistóricos, Bloch y Purcell realizaron algunos experimentos que aplicaban radiofrecuencia a una muestra y por casualidad obtenían alguna señal de radiofrecuencia devuelta. Luego tengo una gran caja negra y llego a los espectrómetros modernos que se sintonizan con espectros de hidrógeno, espectros de carbono y veo hermosos espectros transformados de Fourier en la pantalla de mi PC (a menos que se trate de carbono, en cuyo caso la línea de base es, por supuesto, borrosa).
Imagino que tuvo que haber mucha investigación hasta que se comprendió que cada señal del espectro transformado de Fourier corresponde a un átomo de hidrógeno, que se desplazan en función de lo ricos o pobres en electrones que sean, cómo funcionan los acoplamientos, etc. Me imagino que la mayor parte de esto fue fruto de la prueba y el error: una determinada combinación de campo magnético y radiofrecuencia da una señal, la transformación de Fourier parece ocurrir en cualquier lugar, y una vez que se ha racionalizado que las "señales" corresponden a los "hidrógenos" en un determinado tipo de espectro (probablemente el que dio más resonancia de todos modos) se tiene medio hecho y el resto es un paseo por el parque.
Pero hay un paso que parece muy poco intuitivo:
Comprender que las "señales" corresponden a los hidrógenos.
Hay otro paso importante, a saber, averiguar que los solutos pueden ser analizados si están libres de hidrógeno ( $\ce{CCl4}$ ) o al menos se utilizan disolventes libres de protio (deuterados). Ahora bien, o bien se descubrió primero que el hidrógeno es la causa de las señales, en cuyo caso la elección de los disolventes correctos no es un problema, pero la captación de las señales del soluto puede serlo. O bien se descubrió que el uso de determinados disolventes daba espectros más "limpios", en cuyo caso también sería interesante saber cómo se eligieron los disolventes.
Soy consciente de que puede haber una buena dosis de especulación, de retroalimentación, de uso inflacionario del término por casualidad, anecdótica, la narración de historias y los malos recuerdos involucrados, pero ¿se sabe cómo los descubridores de la espectroscopia de RMN se dieron cuenta de que una "señal" es un átomo de hidrógeno en la molécula observada?
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Estás subestimando seriamente la física, y la capacidad de los físicos de planificar experimentos y predecir su resultado.
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La transformación de Fourier fue una adición posterior a los espectrómetros de RMN, los primeros espectrómetros utilizaban la RMN de onda continua. La RMN de FT pulsada es un desarrollo muy posterior