Eso no es una resistencia de pull-up; es una resistencia para limitar la corriente de base en TR1. La unión base-emisor de un transistor parece un diodo para el microcontrolador. Como tal, si le aplicaras 3,5V sin ningún otro componente para limitar la corriente, el transistor probablemente se destruiría, al igual que si hicieras lo mismo con un LED o cualquier otro diodo.
Cuando el microcontrolador aplica 3,5V a esta entrada, el diodo base-emisor estará polarizado hacia delante. Los diodos de silicio tienen una caída de tensión de unos 0,6V, por lo que la corriente que fluirá es:
\$ I_b = \dfrac{3.5V - 0.6V}{R_1} \$
El transistor permitirá entonces el paso del colector \$ I_b \cdot h_{fe} \$ de corriente, o menos si hay algo más que limita la corriente del colector. \$h_{fe}\$ es la ganancia de corriente del transistor, y estará especificada en la hoja de datos. Varía bastante incluso entre transistores del mismo modelo, pero 100 es una estimación razonable.
Cuando la corriente de colector está limitada por la carga (RL1, en este caso) y no por la corriente de base (es decir, el aumento de la corriente de base no puede aumentar la corriente de colector), se dice que el transistor es saturado o menos precisa, en .
Cuando el microcontrolador aplica 0V a esta entrada, no hay forma de que fluya la corriente de base, por lo que el transistor es fuera de y no permite ninguna corriente de colector.