Lista de grupos funcionales en una molécula

Question

¿Alguien sabe si hay una herramienta para la lista de los grupos funcionales presentes en una molécula?

Answer 1

Norbert Haider de la Universidad de Viena ha estado trabajando en la identificación de grupos funcionales durante bastante tiempo.

Quizá quieras echar un vistazo a su herramienta checkmol/matchmol , que lee la forma nativa de archivos mol MDL, Alquimia y Sybyl.

Otros formatos de entrada podrán ser tratados después de la conversión a través de Babel abierta.

Answer 2

La huella de FP4 en Babel abierta coincide con un conjunto de patrones de SMARTS para grupos funcionales contra una molécula. Generalmente el resultado es una huella digital binario, pero el "-xs" opción siguiente imprime los nombres de los patrones de juego. Estos son los resultados de la acetamida, por ejemplo:

> obabel -:CC(=O)N -ofpt -xfFP4 -xs
>
Primary_carbon  Carboxylic_acid_derivative      Amide   Primary_amide   C_ONS_bond      1,3-Tautomerizable