Información sobre el microcontrolador:
Mientras que Netduino utiliza C#, la mayoría de los otros microcontroladores se programan en C - son dos lenguajes de programación totalmente diferentes. Además, Arduino utiliza una versión de C++, que también es diferente.
Los microcontroladores suelen programarse en C o en ensamblador (ASM). Si eres nuevo, te recomendaría C. Arduino no es un microcontrolador, es una placa de desarrollo (normalmente) basada en un microcontrolador AVR, aunque hay otros MCUs en uso. Los MCUs (unidades de microcontroladores) a bordo tendrán un cargador de arranque instalado. Se trata de una sección especial de código que altera el funcionamiento de la MCU. En el caso de Arduino, permite la programación a través del puerto serie en lugar de los métodos de programación estándar, así como el acceso a las funciones especiales de la biblioteca. También en la placa habrá (normalmente) un convertidor de USB a serie porque muchos chips pequeños no tienen hardware USB interno, por lo que el USB tiene que ser convertido para una comunicación adecuada.
Pregunta 1:
Una MCU tendrá un número específico de pines de E/S. Estos son pines que pueden ser entradas o salidas. Puedes conectar directamente tantos sensores digitales como pines de E/S haya, pero los sensores analógicos están limitados al número de pines ADC (convertidor analógico-digital) disponibles. No todos los MCUs tienen una unidad ADC. También puedes conectar muchos, muchos más sensores utilizando expansores GPIO externos o registros de entrada paralela y salida serial. Estos pueden ser controlados usando unos pocos pines de la MCU y pueden ampliar en gran medida el número de pines de E/S disponibles.
Pregunta 2:
Escribirás un programa en el ordenador que se instala en la MCU. Si el código te permite tener comunicaciones externas (a través de USB, serie, SPI, I2C, etc) entonces puedes comunicarte con el chip mientras está funcionando. Pero esa capacidad depende del código que escribas. El lenguaje que utilices para comunicarte con el MCU está bastante abierto a lo que quieras, ya que la comunicación real la realiza el hardware, no el lenguaje de programación. Tal vez eso es lo que querías decir con la mención de "C#".
Su proyecto:
Siendo realistas, tu proyecto no parece tan complicado: leer un sensor de temperatura (suena a analógico) y accionar un motor para abrir/cerrar una ventana basándose en la lectura de ese sensor. El momento de detener el motor probablemente se basará en otro sensor conectado a la ventana. Esto se puede hacer con un MCU muy pequeño con pocos pines y poco espacio de programación (como el ATtiny24 o ATtiny25). Pero creo que te encontrarás con muchos problemas si no trabajas primero en algo un poco más pequeño. El "hola mundo" estándar de los MCUs es hacer parpadear un LED. Luego se construye sobre eso tratando de controlar la velocidad de parpadeo con un botón, luego manejar un motor, etc.
Opinión personal...
No tengo, ni tengo ningún deseo de utilizar nunca Arduino. Construyo todos mis circuitos, normalmente con MCUs AVR, pero entiendo la razón por la que la gente los utiliza. Personalmente, creo que es mucho mejor aprender a diseñar tu propio circuito y programarlo que copiar el código de otras personas y juntar cosas al azar, que es lo que veo que hacen la mayoría de los usuarios de Arduino. Hay un montón de tutoriales en línea para empezar con los microcontroladores que no implican Arduino, que es lo que yo sugeriría que busque en si usted tiene algún plan de diseño de sus propios circuitos en el futuro. Si no tienes ganas de aprender nada, entonces por todos los medios, copia, pero ten en cuenta que a menudo hay formas mucho más simples y más eficaces de hacer las cosas que nunca comprenderás si no sabes lo que está pasando.