La perfección se encuentra en las matemáticas, no en nuestro universo.
Dicho esto, si buscas una realización observable casi perfecta del número trascendental $\pi$ en la naturaleza, te sugeriría no optar por un círculo, sino por una esfera. Una gran esfera. De hecho, la esfera más grande actualmente observable: el fondo cósmico de microondas.
La radiación de fondo cósmico de microondas es el remanente del big bang que nos llega como una radiación térmica uniforme proveniente de todas direcciones en el cielo. En cada dirección, la distancia a la fuente está determinada por el corrimiento al rojo de Hubble. Dado que, luego de restar el corrimiento Doppler debido a nuestro propio movimiento, se observa que la radiación es isotrópica hasta aproximadamente una parte en 100,000, estamos hablando de una esfera bastante perfecta.
O al menos así lo ven los físicos que consideran que una vaca esférica en buena aproximación...
Otra ocurrencia de una esfera casi ideal es proporcionada por el horizonte de un agujero negro estacionario y no rotativo. Pero aún no hemos observado directamente dicho horizonte.