La pregunta es tratado con cierto detalle en este artículo de Juan Báez.
Aunque el artículo se supone sólo un conocimiento básico de la física es probablemente un poco demasiado para los no-físico así que voy a resumir. Como una nube de gas colapsa las partículas dentro de los que se limitan a un menor volumen de espacio por lo que la entropía asociada con su posición (llaman a esto $S_P$) va abajo - básicamente, el sistema se vuelve más ordenado. Sin embargo, como la nube colapsa, se calienta y la entropía asociada con la temperatura (llaman a esto $S_T$) sube. Los escombros de la nube eventualmente se enfríe por supuesto, pero que solo transfiere la entropía $S_T$ a los fotones radiados en el espacio. De todos modos, el cambio de entropía total para el colapso será:
$$ S_{total} = S_P + S_T $$
y sabemos que $S_P \lt 0$$S_T \gt 0$, por lo que los dos términos se cancelan uno al otro.
Sólo Juan Báez, muestra que no anulan completamente y la entropía total todavía va abajo y esta es, como dice usted, una violación de la segunda ley.
¿Qué falta en el cálculo de la entropía asociada con el campo gravitatorio. Ya ha habido varias preguntas relacionadas con esto, por ejemplo, Es la planitud de espacio que una medida de la entropía?, pero sospecho que estos serán en gran parte incomprensible para el profano. Baste decir que la materia que se desploma el aumento de la fuerza del campo gravitacional asociada con ella, y esto aumenta la entropía. Incluir este término y el total de entropía es positivo, la segunda ley no es violado.
El límite final de esto es para formar un agujero negro. A pesar de que un (clásica) agujero negro está completamente caracterizada por tres parámetros, la masa, espín y carga, un agujero negro tiene la máxima entropía posible para que el volumen de espacio que ocupa.