PostGIS. Geoserver documentación tiene el siguiente comentario:
"Shapefile es un formato muy común para datos geoespaciales. Pero si usted está ejecutando GeoServer en un entorno de producción, es mejor utilizar una base de datos espaciales, tales como PostGIS. Esto es esencial si se realizan transacciones (WFS-T). La mayoría de las bases de datos espaciales proporcionan shapefile herramientas de conversión. Aunque hay muchas opciones para bases de datos espaciales (véase la sección sobre el Trabajo con Bases de datos), PostGIS es recomendable. Oracle, DB2, ArcSDE y también son compatibles."
Esta no es toda la historia, incluso si usted no se preocupan por WFS, todo, desde nativo de la clasificación de la capacidad para crear y publicar PgSQL puntos de vista, el rendimiento de las consultas, la seguridad de los datos, almacenamiento...solo usar PostGIS.