Modelo de efectos mixtos con anidación

Question

Tengo los datos recogidos a partir de un experimento organizado de la siguiente manera:

Dos sitios, cada uno con 30 árboles. 15 se trata, 15 son de control en cada sitio. De cada árbol, nos muestra tres piezas de la madre, y tres piezas de las raíces, así que 6 nivel 1 muestras por cada árbol que está representado por uno de los dos niveles del factor (raíz, tallo). Luego, a partir de los tallo / raíz de muestras, tomamos dos muestras mediante la disección de los diferentes tejidos dentro de la muestra, la cual es representada por uno de los dos niveles del factor para el tipo de tejido (Un tipo de tejido, tejido tipo B). Estas muestras se mide como una variable continua. Número Total de observaciones es de 720; 2 sitios * 30 árboles * (madre de tres muestras de + tres muestras de raíz) * (uno de los tejidos de Una muestra + un tejido de la muestra B). Los datos se parece a esto...

        ï..Site Tree Treatment Organ Sample Tissue Total_Length
    1        L  LT1         T     R      1 Phloem           30
    2        L  LT1         T     R      1  Xylem           28
    3        L  LT1         T     R      2 Phloem           46
    4        L  LT1         T     R      2  Xylem           38
    5        L  LT1         T     R      3 Phloem          103
    6        L  LT1         T     R      3  Xylem           53
    7        L  LT1         T     S      1 Phloem           29
    8        L  LT1         T     S      1  Xylem           21
    9        L  LT1         T     S      2 Phloem           56
    10       L  LT1         T     S      2  Xylem           49
    11       L  LT1         T     S      3 Phloem           41
    12       L  LT1         T     S      3  Xylem           30

Estoy tratando de ajustar un modelo de efectos mixtos con R y lme4, pero soy nuevo en modelos mixtos. Me gustaría modelo de la respuesta como el Tratamiento + Nivel 1 Factor (tallo, raíz) + Nivel 2 (Factor de Un tejido, tejido B), con efectos aleatorios para los ejemplos específicos anidada dentro de los dos niveles.

En R, estoy haciendo esto el uso de lmer, de la siguiente manera

fit <- lmer(Response ~ Treatment + Organ + Tissue + (1|Tree/Organ/Sample)) 

A mi entender (...lo cual no es cierto, y por qué estoy publicando!) el término:

(1|Tree/Organ/Sample)

Especifica que la Muestra " es anidado dentro del órgano de muestras, que se anida en el árbol. Es este tipo de anidación relevantes / válido? Lo siento si esta pregunta no es clara, si es así, por favor especifique dónde me puede llevar a cabo.

Muchas gracias a cualquier ayuda que usted puede ofrecer.

~Erik

Answer 1

Creo que esto es correcto.

• (1|Tree/Organ/Sample) expande a/es equivalente a (1|Tree)+(1|Tree:Organ)+(1|Tree:Organ:Sample) (donde : denota una interacción).
• La fija de factores Treatment, Organ y Tissue automáticamente se manejan en el nivel correcto.
• Probablemente debería incluir Site como efecto fijo (conceptualmente es un efecto aleatorio, pero no es práctico tratar de estimar entre el sitio de la varianza con sólo dos sitios); esto reducirá el entre-árbol de variación ligeramente.
• Probablemente, usted debe incluir todos los datos dentro de un marco de datos, y pasar esta explícitamente a lmer a través de una data=my.data.frame argumento.

Usted puede encontrar http://glmm.wikidot.com/faq útil (se centró en la GLMMs pero tiene cosas pertinentes a los lineales de los modelos mixtos).