Tenga en cuenta que
$$\binom{y}n\binom{n}k=\binom{y}k\binom{y-k}{n-k}\;,$$
así
$$\binom{y}n\cdot\frac{\binom{n}k\binom{x}k}{\binom{y}k}=\binom{y-k}{n-k}\binom{x}k\;,$$
y después de la multiplicación por $\binom{y}n$, la propuesta de la identidad se reduce a
$$\sum_{k=0}^n(-1)^k\binom{x}k\binom{y-k}{n-k}=\binom{y-x}n\;.\tag{1}$$
$\binom{y-x}n$ es el número de $n$-elemento de subconjuntos de a $[y]\setminus[x]$, donde como de costumbre,$[x]=\{1,\ldots,x\}$. Para $k\in[x]$ deje $\mathscr{A}_k$ ser parte de la familia de $n$-elemento de subconjuntos de a $[y]$ que contengan $k$. Entonces
$$\left|\,\bigcap_{k\in I}\mathscr{A}_k\,\right|=\binom{y-|I|}{n-|I|}$$
siempre que $\varnothing\ne I\subseteq[x]$, así también por la inclusión-exclusión en el principio de que tenemos
$$\begin{align*}
\left|\,\bigcup_{k\in[x]}\mathscr{A}_k\,\right|&=\sum_{\varnothing\ne I\subseteq[x]}(-1)^{|I|+1}\binom{y-|I|}{n-|I|}\\
&=\sum_{k=1}^x(-1)^{k+1}\binom{x}k\binom{y-k}{n-k}\\
&=\sum_{k=1}^n(-1)^{k+1}\binom{x}k\binom{y-k}{n-k}\;,
\end{align*}$$
suponiendo que $x\ge n$. (Recordemos que, por definición, $\binom{y-k}{n-k}=0$ al $n-k<0$.) Este es el número de $n$-elemento de subconjuntos de a $[y]$ que hacer cruzan $[x]$, por lo que
$$\begin{align*}\binom{y-x}n&=\binom{y}n-\left|\,\bigcup_{k\in[x]}\mathscr{A}_k\,\right|\\
&=\binom{y}n-\sum_{k=1}^n(-1)^{k+1}\binom{x}k\binom{y-k}{n-k}\\
&=\binom{y}n+\sum_{k=1}^n(-1)^k\binom{x}k\binom{y-k}{n-k}\\
&=\sum_{k=0}^n(-1)^k\binom{x}k\binom{y-k}{n-k}\;,
\end{align*}$$
como se desee.
Agregado: como darij grinberg se señaló en los comentarios, la combinatoria interpretación requiere la suposición de que $y\ge x$. Para cada una de las $x$ la combinatoria argumento establece $(1)$ para cada entero$y\ge x$, y a cada lado de la $(1)$ $n$- ésimo polinomio de grado en $y$, lo $(1)$ debe ser un polinomio de identidad.