Creo que merece la pena enfocar tu pregunta desde un punto de vista un poco diferente. Sabemos que el campo eléctrico es un campo vectorial. En general, la divergencia de un campo vectorial es una medida de las fuentes/sumideros de campo. Esto es sólo una interpretación de una propiedad matemática, y se aplica a cualquier campo vectorial. Utilizaremos el símbolo rho para indicar la fuente del campo.
$$\nabla\cdot \vec{E} \propto \rho$$
La constante de proporcionalidad depende de en qué unidades quieras medir tu fuente de campo. Simbolizaré la constante como épsilon.
$$\nabla\cdot \vec{E} = \frac{\rho}{\epsilon_0}$$
Entonces podemos integrar sobre un volumen arbitrario.
$$\int\nabla\cdot \vec{E} dV = \int\frac{\rho}{\epsilon_0}dV=\frac{q_{encl}}{\epsilon_0}$$ donde elegí la constante $q_{encl}$ para representar la integral de volumen de $\rho$ .
Ahora usaré el teorema de la divergencia para reescribir la integral de la divergencia como una integral de superficie.
$$\int\nabla\cdot \vec{E} dV = \oint \vec{E} \cdot d\vec{S}=\frac{q_{encl}}{\epsilon_0}$$
Imaginemos ahora una fuente que existe en un único punto. Por simetría circular, el campo debe ser perpendicular a una superficie esférica alrededor del punto, y de magnitud constante a una distancia dada del punto.
$$ \oint \vec{E} \cdot d\vec{S} = \oint E dS = E\oint dS=4\pi r^2 E$$ $$ 4\pi r^2 E =\frac{q_{point}}{\epsilon_0}$$ $$ E = \frac{q_{point}}{ 4\pi \epsilon_0 r^2 }$$
Así que es casi la ley de Coulomb. Para terminar el trabajo, también necesitas saber cómo se relaciona una fuerza con el campo eléctrico. En realidad hay una ambigüedad de signo por la orientación de la superficie, que convenientemente he ignorado. Esto corresponde a la elección arbitraria de qué carga es positiva o negativa.
Esto es algo notable: empezamos con las propiedades de un campo vectorial, elegimos constantes arbitrarias, elegimos una fuente puntual en 3 dimensiones, y derivamos efectivamente la ley de coulomb. La ley de Gauss es en realidad una propiedad general de los campos vectoriales, y la ley de Coulomb se deriva de la geometría, combinada con la fuerza de Lorentz. Esta ecuación, $$ E = \frac{q_{point}}{ 4\pi \epsilon_0 r^2 }$$ se aplica a cualquier campo vectorial con una fuente puntual en 3 dimensiones, donde la constante $\epsilon_0$ define las unidades, y nada más.
En mi humilde opinión, el paso más confuso de toda esta derivación es el uso del teorema de la divergencia. Creo que tu insatisfacción se debe a que el teorema de la divergencia puede ignorar fuentes fuera del volumen/superficie de integración. Aunque esto no es realmente un problema con la ley de Gauss, que se cumple de todas formas.
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El argumento de "lo que entra sale" es bastante cierto. Por supuesto, para que esto sea matemáticamente riguroso se necesitan conocimientos matemáticos avanzados.
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En mi opinión, la esencia de la Ley de Gauss es el hecho "justificado a mano alzada", así que aunque por ahora estés satisfecho, no te quedes así para siempre.