Existen algunos métodos indirectos para verificar si dos categorías son equivalentes sin producir una equivalencia explícita. Por ejemplo, dadas dos categorías $C,D$, las categorías de presheaf $Hom(C^{op}, Set)$ y $Hom(D^{op}, Set)$ son equivalentes si, y solo si, los envolventes de Karoubi de $C$ y $D$ son equivalentes. Entonces, si las categorías en las que estás interesado son categorías de presheaf, puedes intentar encontrar las categorías de indexación, calcular sus envolventes de Karoubi y (como puede suceder) esperar que estos sean claramente equivalentes. Todas estas nociones son bien conocidas, así que una búsqueda rápida del término envolvente de Karoubi te proporcionará muchos resultados relevantes (por ejemplo, http://ncatlab.org/nlab/show/Karoubi+envelope).
Esta situación se extiende a categorías base distintas a $Set$, pero esto es algo menos conocido y menos desarrollado.
Relacionado con eso, si tus categorías surgen ya sea como álgebras para monads o como álgebras para operads, puedes intentar mostrar que los monads (resp. operads) deben dar lugar a categorías de álgebras equivalentes. No hay mucha maquinaria para hacer eso, pero las técnicas del negocio del envolvente de Karoubi se pueden extender en cierta medida a los monads y operads.
Todavía en el mismo ámbito pero de manera más general, si tus categorías surgen como modelos para teorías de Lawvere, entonces puedes intentar aplicar las técnicas generales de la teoría de las teorías de Lawvere a tus categorías.
Si tus categorías admiten una representación agradable en términos de generadores y relaciones, por supuesto puedes intentar mostrar que los generadores de una categoría dan lugar a los generadores de la otra, y viceversa, y que las relaciones coinciden esencialmente.
Dos categorías pueden demostrarse como equivalentes al mostrar que las categorías surgen como localizaciones de dos categorías Quillen equivalentes.
Si puedes demostrar que cada una de tus categorías es una solución universal al mismo problema en $Cat$, entonces deben ser isomorfas. De manera similar, si puedes demostrar que cada una de tus categorías es una solución universal débil al mismo problema en $Cat$ como una 2-categoría, entonces deben ser equivalentes.
Eso es todo lo que puedo pensar en este momento. Sería de gran ayuda saber en qué categorías estás interesado.
Addendum después de editar la pregunta original: Sin duda, intenta ver si las oposiciones de tus categorías de indexación son Karoubi equivalentes entonces. Las categorías de presheaf son equivalentes si las categorías de indexación son Karoubi equivalentes, por lo que transfieres completamente el problema a las categorías de indexación. Calcular el envolvente de Karoubi típicamente no es tan difícil.