Isabelle soporta muchas lógicas diferentes, y tiene una formulación de lógica de primer orden que puedes consultar aquí: http://isabelle.in.tum.de/dist/library/FOL/index.html . Sin embargo, aunque las pruebas tienen sabor a deducción natural, no produce nada que un lógico entienda como una derivación de deducción natural tras una inspección superficial.
Los demostradores de teoremas automatizados Prover9 , E , SPASS y Vampiro son todos sistemas de primer orden. No producen pruebas utilizando la deducción natural (todos son sistemas típicamente basados en la resolución/paramodulación).
Suena como ProofWeb es exactamente lo que quieres. Proporciona un sistema para mostrar la prueba de deducción natural/calculo secuencial que la acompaña junto con una formalización asistida por ordenador. También tiene una interfaz interactiva muy agradable para los estudiantes, y ofrece la posibilidad de asignar ejercicios. Por otro lado, sé que ha sido desarrollado en gran medida para Coq, que es mucho, mucho más expresivo que la lógica de primer orden. Y aunque sé que hay un desarrollo de la teoría de conjuntos dentro de Coq, sospecho que modificar el sistema para la teoría de conjuntos básica sería un ejercicio no trivial.