Un punto límite de un conjunto $S$ en un espacio métrico $X$ puede estar en $S$ o en $X$.
Entonces tienes este punto, llámalo $x$. Ahora piensa en una distancia arbitraria (usando tu métrica de distancia, $d(x, y)$). Llámala $r$. Si $x$ es un punto límite, entonces significa que para CUALQUIER $r>0$, podrás encontrar algún otro punto $y \in S$ tal que $d(x, y) < r$. Puedes hacer que $r$ sea arbitrariamente pequeña, pero dentro de la distancia $r$, nuestro punto $x$ no estará solo. Su vecindario nunca estará vacío: un vecindario es simplemente el conjunto de puntos que están dentro de la distancia $r$ de $x$.
Esto significa esencialmente que para cualquier vecindario de $x$ que seleccionemos, hay un número infinito de puntos en el vecindario, 'acumulados en torno' a x. Ejemplo:
Considera el conjunto $\mathbb{R}^1$, la recta real. Este es nuestro espacio métrico con la Norma Euclidiana habitual para la distancia. Ahora considera: $$ S = \{1 + \frac1n \mid n \in \mathbb{N}\}$$ Este conjunto $S$ tiene un punto límite en $1 \in \mathbb{R}^1$ (y solo en 1) porque para cualquier $r>0$, siempre podemos encontrar algún $n \in \mathbb{N}$ tal que $1+ \frac1n < 1+r$, de manera que haya algún $s \in S$ con una distancia a $1$ que sea menor que $r$.
Intuición: entonces puedes ampliar esta noción: en $\mathbb{R}^2$, pensamos en $r$ como un radio, y el vecindario es un círculo si dibujas el conjunto. En $\mathbb{R}^3$, $r$ se convierte en una esfera (bola), etc...
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$p$ es un punto límite para un conjunto $S$ si para cada conjunto abierto $U$ en $X$, para el cual $p\in U$, el conjunto $(U\setminus\{p\})\cap S\neq\varnothing$.
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S es el conjunto del que estamos hablando, X es el espacio. S está en X.