Los campos de cociente tienen diferentes grados de trascendencia sobre $\mathbb{C}$, que es el campo más grande contenido en cada uno, por lo que no son anillos isomorfos.
$\mathbb{C}[x]_{(x)}$ es el anillo de funciones racionales que están definidas (es decir, no tienen un polo) en $0$.
$\mathbb{C}[[x]]$ es el anillo de series de potencias centradas en $0$, y es un anillo estrictamente más grande. Este anillo incluye todas las funciones meromorfas (y por lo tanto todas las funciones racionales) definidas en $0$, así como muchas más series de potencias que no convergen. Como Thomas indicó en los comentarios, esta es la completación de $\mathbb{C}[x]_{(x)}$ en su ideal maximal único, también es la completación de $\mathbb{C}[x]$ en el mismo ideal.
El hecho de que tengan el mismo $\operatorname{spec}$ indica que ambos son anillos de funciones en el mismo espacio subyacente (definido en $0$, y no estallando en el punto genérico $\mathbb{C$}), pero el último anillo admite una gama más amplia de funciones en este espacio.