Esto pretendía ser un comentario, pero en aras de la claridad, será mejor que utilice una respuesta.
En relación con el caso $\mu \neq 1$ podemos empezar utilizando el siguiente conjunto de ecuaciones, que se derivan de las ecuaciones de Maxwell y tras aplicar condiciones de contorno que exigen que a través de la frontera las componentes tangenciales de $E$ y $H$ debe ser continua.
$$\cos\theta_{i}(A_{\parallel}-R_{\parallel})=\cos\theta_{t}T_{\parallel}$$ $$A_{\perp}+R_{\perp}=T_{\perp}$$ $$\sqrt{\frac{\epsilon_{1}}{\mu_{1}}}\cos\theta_{i}(A_{\perp}-R_{\perp})=\sqrt{\frac{\epsilon_{2}}{\mu_{2}}}\cos\theta_{t}T_{\perp}$$ $$\sqrt{\frac{\epsilon_{1}}{\mu_{1}}}(A_{\parallel}+R_{\parallel}=\sqrt{\frac{\epsilon_{2}}{\mu_{2}}}T_{\parallel}$$
Entonces, sumando la primera y la cuarta ecuación, se obtiene
$$T_{\parallel}=\frac{2\cos\theta_{i}\sqrt{\epsilon_{1}\mu_{2}}}{\cos\theta_{t}\sqrt{\mu_{2}\epsilon_{1}}+\sqrt{\epsilon_{2}\mu_{1}}\cos\theta_{i}}A_{\parallel}$$
Sumando la segunda y la tercera ecuación, se tiene
$$T_{\perp}=\frac{2 \sqrt{\mu_{2}\epsilon_{1}}\cos\theta_{i}}{\sqrt{\epsilon_{2}\mu_{1}}\cos\theta_{t}+\cos\theta_{i}\sqrt{\mu_{2}\epsilon_{1}}}A_{\perp}$$
En consecuencia, para $R_{\parallel}$ y $R_{\perp}$ (en la que tenemos que sustituir el valor que ya hemos encontrado por $T_{\parallel}$ y $T_{\perp}$ )
$$R_{\parallel}=\frac{\sqrt{\epsilon_{2}\mu_{1}}\cos\theta_{i}-\sqrt{\epsilon_{1}\mu_{2}}\cos\theta_{t}}{\sqrt{\epsilon_{2}\mu_{1}}\cos\theta_{i}+\sqrt{\epsilon_{1}\mu_{2}}\cos\theta_{t}}A_{\parallel}$$
$$R_{\perp}=\frac{\sqrt{\epsilon_{1}\mu_{2}}\cos\theta_{i}-\sqrt{\epsilon_{2}\mu_{1}}\cos\theta_{t}}{\sqrt{\epsilon_{1}\mu_{2}}\cos\theta_{i}+\sqrt{\epsilon_{2}\mu_{1}}\cos\theta_{t}}A_{\perp}$$