Es necesario comprobar las correlaciones entre las variables dependientes ( editar: La respuesta de @BilalBarakat es correcta, lo importante aquí son los residuos ). Si todos o algunos son independientes, se pueden realizar análisis separados de cada uno. Si no son independientes, o los que no lo sean, puedes ejecutar un análisis multivariante. Esto maximizará su potencia mientras mantiene la tasa de error de tipo I en su nivel alfa.
Sin embargo, debe saber que esto no hará que su análisis sea más preciso/robusto. Se trata de una cuestión diferente a la de saber si su modelo predice los datos mejor que el modelo nulo. De hecho, con tantas cosas en marcha, a menos que tenga muchos datos, es probable que pueda obtener estimaciones de parámetros muy diferentes con una nueva muestra. Incluso es posible que el signo de una beta cambie. Mucho depende del tamaño de p y q y de la naturaleza de sus matrices de correlación, pero el volumen de datos necesario para la solidez puede ser enorme. Recuerda que, aunque mucha gente utiliza "significativo" y "fiable" como sinónimos, en realidad no lo son. Una cosa es saber que una variable no es independiente de otra, y otra totalmente distinta es especificar la naturaleza de esa relación en tu muestra tal y como es en la población. Puede ser fácil realizar un estudio dos veces y encontrar un predictor significativo ambas veces, pero con la estimación del parámetro lo suficientemente diferente como para ser teóricamente significativo.
Además, a menos que esté haciendo un modelo de ecuaciones estructurales, no puede incorporar muy bien sus conocimientos teóricos sobre las variables. Es decir, técnicas como el MANOVA tienden a ser crudamente empíricas.
Otro enfoque es utilizar lo que se sabe sobre el tema en cuestión. Por ejemplo, si tiene varias medidas diferentes del mismo constructo (podría comprobarlo con un análisis factorial), puede combinarlas. Esto puede hacerse convirtiéndolas en puntuaciones z y promediándolas. También podría utilizarse el conocimiento de otras fuentes de correlación (por ejemplo, la causa común o la mediación). Algunas personas se sienten incómodas al poner tanto peso en el conocimiento del dominio, y reconozco que se trata de una cuestión filosófica, pero creo que puede ser un error exigir que los análisis hagan todo el trabajo y asumir que es la mejor respuesta.
En cuanto a una referencia, cualquier buen libro de texto sobre multivariantes debería tratar estos temas. Tabachnick y Fidell está bien considerado como un tratamiento sencillo y aplicado de este tema.
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Mi experiencia es que el ajuste de las VD correlacionadas en un modelo puede obtener estimaciones más precisas que si se ajustan por separado. Es fácil distinguir la diferencia mediante simulaciones.
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Por lo que me enseñaron en la escuela, uno debe construir un modelo basado en el conocimiento teórico; eso evitaría que el analista pescara resultados que simplemente ocurren por casualidad (lo que ocurre mucho). Por lo tanto, le sugeriría que basara su modelo en algunas relaciones teóricas de la literatura y que luego lo ampliara a partir de ahí.