El GROMACS documentación oficial (ver aquí) establece que un sistema con cero carga total se producirá un error:
El sistema no cuenta con un total de cero carga
Le notifica que contra-iones pueden ser requeridos por el sistema para neutralizar la carga o puede haber problemas con la topología.
Si el cargo no es entero, entonces esto indica que hay un problema con la topología. Si pdb2gmx ha sido utilizado, a continuación, busque en la mano derecha la columna de comentarios del átomo listado que enumera el acumulado de carga. Este debe ser un entero después de cada residuo (y/o a cargo del grupo de donde sea aplicable). Esto ayudará en la búsqueda de los residuos donde las cosas empiezan saliendo de valores enteros. También revise la nivelación de los grupos que se han utilizado.
Si el cargo ya está cerca de un entero, entonces la diferencia es causada por errores de redondeo y no un gran problema.
Nota para la PME usuarios: es posible usar un uniforme de neutralización de carga de fondo en la PME para compensar un sistema con una red de carga de fondo. Probablemente hay nada de malo con esto, en principio, debido a que la carga uniforme no perturbar la dinámica. Sin embargo, es una práctica estándar para agregar realmente contra-iones para hacer que el sistema de red neutral.
Si lo entiendo correctamente, esto significa que un fondo uniforme de carga, serán incorporados a un net-cargada del sistema. Si lo que quería para el estudio de carga del sistema, por ejemplo, un péptido con grupos básicos en la fase de gas, donde los contra-iones están ausentes. ¿Es posible realizar un gromacs de cálculo en un sistema y cómo la introducción de la compensación del fondo de carga afecta a la dinámica molecular?
Luego miré en otros paquetes y señaló que net-encargado de sistemas parecen ser generalmente problemática en mm cálculos. Puede alguien me apunte en una dirección como de la literatura en esta?
