¿Flujo de trabajo para el uso de R con LyX para un análisis estadístico?

Question

Durante algún tiempo, quería dejar de copiar-pegar mi R resultados en word, pero la escalada en el Látex de la montaña parecía mucho a valer la pena. Recientemente, llegué a descubrir LyX, como de los laicos solución para la gente como yo que no desean el código de su texto, pero desean combinar el análisis de R con el texto.

Sin embargo, he encontrado que hay muy poco, actualizado, documentación sobre LyX+R - lo que me lleva a escribir mi pregunta:

1. ¿Qué herramientas se combinan en su I+LyX flujo de trabajo? (¿combinar los editores de texto en la parte superior de LyX? que? y ¿por qué?)
2. ¿Cuál es el común de la estructura de carpetas de un proyecto de análisis?
3. ¿Cuál es el orden de los pasos que puedes tomar para la construcción de su análisis? ¿Qué código se mantenga en el archivo.r? y lo que en otros tipos de archivos? (imágenes, .RData copias de seguridad .TeX, y así sucesivamente)
4. ¿El uso de diferentes estrategias de trabajo para diferentes tipos de proyectos (debido al tamaño del proyecto o el tamaño del conjunto de datos)
5. Lo R los paquetes que combinan en su trabajo? y cómo?
6. Enlaces recomendados?

Gracias por el aporte!

Answer 1

Tal, también me saltó en el Lyx-Swave carro y en realidad comenzó a escribir mis Psicología de la tesis de Maestría el uso de Lyx.

Sin embargo, he abandonado Lyx debido a varios problemas (por ejemplo, la adhesión a la nueva APA 6 estándar y otro diario-detalles, corregir el formato de las referencias, etc.) y convierte a la recta tex. He encontrado que es difícil lograr lo que yo quería en Lyx - he tenido que recurrir al mal rojo de texto (puro tex) todo el tiempo, y se dio cuenta de que simplemente meter al mal rojo de texto todo el tiempo (es decir, plain tex) me dio mucha más flexibilidad y oportunidades.

Con respecto a la publicación, también hay muy pocas revistas dentro de mi campo (psicología) que se aceptan envíos en tex o pdf y convertir al tex to word es un dolor, especialmente con las tablas...

Una tercera cuestión, con relación a la colaboración; muy pocos de mis colegas utilizaron tex, aunque menos usado Lyx, y no había apoyo para la instalación o el mantenimiento de las instalaciones de la universidad, es decir, la gente tiene diferentes versiones, la falta de paquetes, etc.

Lo que me han recurrido ahora es el uso de R (rstudio) para todos mis análisis con la documentación, pero simplemente con que elaborar tablas y figuras. Yo, a continuación, escribir mis documentos en word y se incluyen las tablas de pdf (xtable es excelente), y figuras de R en aquellos. Me parece que la mayoría de las revistas permite subir las tablas y figuras en formato pdf.

Otra posibilidad es el uso de Rstudio para escribir el análisis, se necesitan muy pocas líneas de látex-código para producir un sweaveable .Rnw archivo:

\documentclass{article}
\begin{document}
<<>>=
your code goes here
@
\end{document}

Utilice este archivo para llevar a cabo su análisis, haz clic en "Compilar PDF" en Rstudio (o, alternativamente, R CMD Sweave filename.Rnw en un símbolo del sistema) para hacer que el archivo tex (y en formato PDF, si usted utiliza Rstudio), y abrir este tex-archivo con un editor como el texniccenter o texworks para introducir y editar texto que la rodea. Estos editores le ofrece accesos directos a comandos como negrita y cursiva, headinglevels etc., y le salva de aprendizaje el código real. Cuando usted consigue más avanzados, utilizando \Sexpr{} insertar los resultados directamente en el texto no va a ser difícil! Si obtiene errores relativos a la falta de Sweave.sty acaba de hacer una copia de este archivo (que se encuentra en el R directorio r\r-version\share\texmf) y colocarlo en el mismo directorio que el archivo que está actualmente tratando de "sweave".

He visto tus habilidades en R en su blog y en sus respuestas por aquí, así que sé de aprendizaje el pedacito de tex requerido para el uso de sweave habrá partido para usted!

La buena suerte.

Answer 2

Aquí está mi toma sus preguntas. Su kilometraje puede variar.

1) Para las herramientas, todo, excepto la I + LyX es la guinda del pastel. En mi caso, yo uso Emacs + ESS + AUCTeX, Org-Mode, la terminal, y RStudio. De nuevo, R + LyX recibirá usted en un apuro.

2) LyX se deshace de (leer: oculta) un montón de carpetas adicionales/mierda de la que usted necesita para guardar la pista. Acabo de abrir uno de mis proyectos, y yo sólo tenía un directorio raíz y un /img de la carpeta, para la celebración de esas imágenes que no son generados por Sweave. Todo lo demás es, así, la guinda del pastel.

3) Con LyX, que acaba de levantarse e ir! El punto es que usted no tiene que jugar con cosas como documentclass o cualquier otra cosa. Acaba de comenzar a escribir, y que puede pulir todo lo demás después. Sí, a veces voy a correr un largo cálculo y guardarlo en un .RData, que me carga posterior. Yo no trastear con el código R (es decir .r archivo), porque puedo maraña de eso más tarde. (Al menos, que solía ser capaz de hacer).

4) Si es un proyecto pequeño, yo uso RStudio. Si se trata de un proyecto de tamaño mediano, abro LyX y empezar. Si es un proyecto enorme, con un montón de codificación, yo por lo general uso Emacs/ESS y copiar-pegar a LyX más tarde. Si REALMENTE es un proyecto enorme, he usado LyX, pero más recientemente Emacs Org Modo.

5) yo uso el mismo R paquetes que uso en todas partes, y LyX no es un término en la ecuación.

6) Yihui Xie tiene un montón de grandes cosas.

Algunos comentarios generales para ayudar a su decisión de mantener o abandonar LyX:

a) LyX tiene un conocimiento de la comunidad para ayudar a usted, y ellos responden.

b) he trabajado en proyectos grandes y pequeños con LyX. Es realmente potente para 1) algo rápido o 2) de algo grande, donde usted necesita para etiquetar, hacer un índice, y/o bibliografías. Esta funcionalidad existe para Emacs, pero con LyX es out-of-the-box, siga su nariz.

c) LyX no es tan bueno para la instantánea-vista previa de su Látex y/o Sweave código (que puede ser una verdadera PITA para Sweave figuras). He encontrado que Emacs Org-Mode no tanto, mientras AUCTeX realiza la primera.

d) y por CIERTO: ahora que lo pienso, he utilizado los editores de texto (Emacs/ESS o RStudio) para ejecutar/polaco código antes de pegar en el .lyx archivo, simplemente porque cuando el proyecto es grande es improductivo para compilar toda la cosa, sólo un par de líneas. Cuando el proyecto es pequeño, no importa de cualquier manera.

e) y BBTW, @Tormod es correcto que la colaboración es un problema, pero siempre es y seguirá siendo en el futuro previsible. Con LyX puede exportar a Sweave de Látex/HTML/Xml, y si ninguno de sus compañeros de utilizar cualquier cosa en la lista, entonces usted necesita para encontrar amigos. :-)

f) B^{3}TW: la canción de la sirena que inicialmente me atrajo a LyX fue su manejo automático de tablas y figuras - que no podía ser más simple. Usted puede mezclar y combinar cualquiera que sea la figura de tipos de archivo que te gusta, y LyX sabe que los paquetes de carga y las conversiones a hacer que simplemente funciona. Este es un dolor que estoy dispuesta a sufrir de nuevo como puedo hacer otros proyectos con Org Modo, AUCTeX, y RStudio.

Answer 3

Supongo que probablemente debería dar una respuesta completa, así que aquí está.

Yo no uso Lyx, yo uso el de vainilla de Látex. He intentado utilizar Lyx, pero me confundía, y de hecho he encontrado llanura de látex a ser mucho más comprensible. Para mi dinero, la interfaz de Lyx era demasiado parecida a la de un procesador de textos y escondió el código de mí (aunque yo no lo uso por mucho tiempo, por lo que hay formas de hacerlo). Yo uso Emacs con Emacs habla de estadísticas y Auctex para mi sweave y archivos de latex. Esto tiene las ventajas de muy buena documentación, de la multiplataforma de apoyo y resaltado de sintaxis para el Látex y R dentro de un Rnw archivo. Como dije en mi comentario, que también hace que sea mucho más fácil ir de análisis interactivo en el R buffer (una emacs plazo) a la Sweave archivo que tengo la intención de utilizar para mi informe/tesis/monografía.

Sigo absolutamente todo lo que he hecho en el Sweave archivo (como la amarga experiencia me dice que la única cosa que usted no pone en el archivo será lo que usted tiene un problema con el).

Yo, normalmente, tiene una carpeta por cada proyecto y/o de papel, y esta carpeta contiene todos los archivos de datos de entrada, el sweave archivos y toda la salida de gráficos y archivos de datos. Esta carpeta suele ser bastante lleno de gente a lo largo del tiempo, por lo que normalmente se cree una subcarpeta para mi documento final y volver a ejecutar el análisis a partir de ahí.

Puedo poner todo en la sweave archivo como se indicó anteriormente, para asegurar que todos los análisis se puede volver a ejecutar. Me suelen llamar rm(list=ls()) en mi R buffer antes de la regeneración de una sweave archivo, sólo para estar seguro. Rda archivos son peligrosos, como los objetos dentro de mi no se pueden reproducir en su totalidad. Dicho esto, si usted tiene un cálculo que toma un tiempo muy largo, entonces después de que usted esté seguro de que funciona, usted podría cambiar el sweave pedazo de eval=FALSE y, a continuación, cargar el objeto a partir de un archivo Rda. Eso es un último recurso (este consejo descaradamente robado de andrew gelman).

Intento mantener la misma estrategia para todos mis análisis, pero eso puede cambiar si puedo empezar a hacer más Bayesiano de trabajo (debido a las grandes cantidades de cálculo involucrados).

Los paquetes yo uso la mayoría de Látex es xtable, que se adapte a mis necesidades. Yo no tienden a utilizar cacheSweave, como tengo un miedo morboso que yo no voy a ser capaz de replicar mi análisis a posteriori.

Enlaces recomendados: Sweave manual Emacs para windows con ess y auctex TeX para los impacientes

Para ser honesto, me pareció que la mejor manera de aprender de Látex es empezar a cortar lejos en ella. Hay muchos Sweave plantillas flotando por la red, conseguir uno y comenzar la codificación. El google de los mensajes de error probablemente especie, a menos que usted quiere hacer cosas de fantasía. Hay una guía de sweave de un psicólogo también flotando alrededor de la cual también es bastante útil.

Finalmente, Látex, en general, funciona mucho mejor en Mac o Linux (Ubuntu siempre es agradable), y Emacs es mucho más fácil de extender sobre Linux. Si usted necesita para mantenerse en Windows, instalar R y LaTeX (Miktex es buena, seleccione los paquetes de instalación en la mosca de la opción) en un lugar sin espacios en la ruta (por ejemplo, c:\bin en lugar de c:\Program los Archivos). Esto le ahorrará un montón de problemas en el largo plazo (pero realmente instalar linux, r es más rápido, látex funciona mejor y las herramientas de línea de comandos son para morirse).