No lo he probado, pero podría utilizar un CRS proyectado para hacer su cuadrícula y luego desproyectar el shapefile resultante a lat/lon geográfico. Sin embargo, esto distorsionará los hexágonos.
En mi parte del mundo (alrededor de 1 grado W, 51 grados N), 50 metros en el suelo equivalen aproximadamente a 0,0004530 de un grado de latitud. 50 metros en el suelo también equivalen aproximadamente a 0,0007170 de un grado de longitud. Utilizando estos valores con el plug-in mmqgis fue posible hacer una forma de cuadrícula hexagonal WGS84 lat/lon.
La imagen adjunta muestra una cuadrícula de este tipo, en una imagen cartográfica proyectada que está muy distorsionada como consecuencia de haber sido reproyectada sobre la marcha a EPSG:4326.
Pero yo no me fiaría de una rejilla así ni de lejos. Por si sirve de algo, mi sugerencia sería que, si es posible, cambies el CRS de tu proyecto por uno proyectado y utilices el plugin mmqgis para hacer tu cuadrícula de hexágonos utilizando unidades de distancia.
Nick.
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Creo que la respuesta se puede encontrar aquí: gis.stackexchange.com/questions/41673/