La primera expresión:
$\begin{align}\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{(-1)^m}{m^2}\binom{2n}{n+m}
&= \binom{2n}{n}\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{(-1)^m}{m^2}\binom{n}{m}\frac{m!n!}{(m+n)!}\\
&= \binom{2n}{n}\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{(-1)^m}{m}\binom{n}{m}\frac{(m-1)!n!}{(m+n)!}\\
&= \binom{2n}{n}\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{(-1)^m}{m}\binom{n}{m}\int_0^1 x^{m-1}(1-x)^n\,dx\\
&= \binom{2n}{n}\int_0^1\int_0^{x}\sum\limits_{m=1}^{n}\binom{n}{m}(-1)^my^{m-1} \frac{(1-x)^n}{x}\,dy\,dx\\
&= \binom{2n}{n}\int_0^1\int_0^{x}\frac{(1-y)^n -1 }{y}. \frac{(1-x)^n}{x}\,dy\,dx\\
&= \binom{2n}{n}\int_0^1 \frac{(1-x)^n}{x}\int_0^{x}\frac{(1-y)^n -1 }{y} \,dy\,dx\\
&= \binom{2n}{n}\int_0^1 \frac{x^n}{1-x}\int_0^{1-x}\frac{(1-y)^n -1 }{y} \,dy\,dx\\
&= -\binom{2n}{n}\int_0^1 \frac{x^n}{1-x}\int_0^{1-x}\frac{1-(x+y)^n}{1-(x+y)} \,dy\,dx\\
&= -\binom{2n}{n}\int_0^1 \frac{x^n}{1-x}\left[\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{(x+y)^m}{m}\right]_0^{1-x}\,dx\\
&= -\binom{2n}{n}\int_0^1 \frac{x^n}{1-x}\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{1-x^m}{m}\,dx\\
&= -\binom{2n}{n}\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{1}{m}\sum\limits_{k=1}^{m}\frac{1}{n+k}= -\binom{2n}{n}\left(\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{H_{m+n}}{m} - H_n^2\right)\end{align}$
El segundo se parece a una problemática de cálculo a realizar.
$$\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{(-1)^m}{m}\binom{2n}{n+m} = -\binom{2n}{n}(H_{2n} - H_n)$$
Con @Chris sis de ayuda en el chat me di cuenta de cómo simplificar la expresión:
$$\begin{align}\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{H_{m+n}}{m} &= \sum\limits_{m=1}^{n}\frac{H_m}{m}+\sum\limits_{m=1}^{n}\sum\limits_{k=1}^{n} \frac{1}{m(k+m)}\\&= \frac{1}{2}(H_n^{(2)}+H_n^2) + \frac{1}{2}\sum\limits_{m=1}^{n}\sum\limits_{k=1}^{n} \left(\frac{1}{m(k+m)}+\frac{1}{k(k+m)}\right)\\&= \frac{1}{2}(H_n^{(2)}+H_n^2) + \frac{1}{2}\sum\limits_{m=1}^{n}\sum\limits_{k=1}^{n} \frac{1}{mk}\\&= H_n^2 + \frac{1}{2}H_n^{(2)} \tag{1} \end{align}$$
Por lo tanto, $\displaystyle \sum_{m=1}^{n}\frac{(-1)^m}{m^2}\binom{2n}{n+m} = -\frac{1}{2}\binom{2n}{n}H_n^{(2)}$
Edit: Para el segundo, un poco de cálculo similar a uno anterior muestra:
$$\sum\limits_{m=1}^{n}\frac{(-1)^m}{m^4}\binom{2n}{n+m} = -\sum\limits_{m=1}^{n}\sum\limits_{j=1}^{m}\sum\limits_{k=1}^{j} \frac{H_{k+n} - H_n}{mjk}$$
No podía entender de una manera más directa de la línea de cálculo, se utiliza la diferenciación para completar la prueba:
Llame al triple de la suma de la $\displaystyle F(n) = \sum\limits_{m=1}^{n}\sum\limits_{j=1}^{m}\sum\limits_{k=1}^{j} \frac{H_{k+n} - H_n}{mjk}$
A continuación,
$\begin{align}F(n+1) - F(n) &= \sum\limits_{m=1}^{n+1}\sum\limits_{j=1}^{m}\sum\limits_{k=1}^{j} \frac{H_{k+n+1} - H_{n+1}}{mjk} - \sum\limits_{m=1}^{n}\sum\limits_{j=1}^{m}\sum\limits_{k=1}^{j} \frac{H_{k+n} - H_n}{mjk}\\
&= \sum\limits_{m=1}^{n+1}\sum\limits_{j=1}^{m}\sum\limits_{k=1}^{j} \frac{H_{k+n} - H_n - \frac{k}{(n+1)(n+k+1)} }{mjk} - \sum\limits_{m=1}^{n}\sum\limits_{j=1}^{m}\sum\limits_{k=1}^{j} \frac{H_{k+n} - H_n}{mjk}\\
&= \frac{1}{n+1}\sum\limits_{j=1}^{n+1}\sum\limits_{k=1}^{j} \frac{H_{k+n+1} - H_{n+1}}{jk} - \sum\limits_{m=1}^{n}\sum\limits_{j=1}^{m}\sum\limits_{k=1}^{j} \frac{k}{mjk(n+1)(n+k+1)}\\
&= \frac{1}{n+1}\left(\sum\limits_{j=1}^{n+1}\sum\limits_{k=1}^{j} \frac{H_{k+n+1} - H_{n+1}}{jk} - \sum\limits_{m=1}^{n}\sum\limits_{j=1}^{m} \frac{H_{n+j+1} - H_{n+1}}{mj}\right)\\&= \frac{1}{(n+1)^2}\sum\limits_{j=1}^{n+1} \frac{H_{n+j+1} - H_{n+1}}{j} = \frac{H_{n+1}^{(2)}}{2(n+1)^2}\end{align}$
En la última línea he utilizado el resultado anterior $(1)$.
Por lo tanto, $\displaystyle F(n) = \frac{1}{2}\sum\limits_{k=1}^{n} \frac{H_{k}^{(2)}}{k^2} = \frac{\left(H_{n}^{(2)}\right)^2 + H_{n}^{(4)}}{4}$