Como se puede ver, el átomo no sólo consiste en el núcleo y el electrón, sino también en "el espacio vacío, ¿está el espacio vacío o es su otra cosa? 
Respuesta
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No es necesariamente un espacio vacío.
Por ejemplo, el flujo de neutrinos en la Tierra es sobre $3 \times 10^{12}/cm^2/s$ . En un momento dado, un neutrino puede o no estar dentro del átomo o incluso dentro del núcleo del átomo. Del mismo modo, otras partículas pueden estar presentes dentro de un átomo en un momento dado.
Además, un electrón puede estar dentro del núcleo de acuerdo con la Interacción de contacto con el Fermi . Así que si tienes un átomo de hidrógeno, con un solo electrón, y el electrón está dentro del núcleo en un momento dado, no habrá un "entre" para que haya espacio, vacío o no.
