¿Ejemplo de informes para el análisis de modelo mixto con lmer en biología, la psicología y la medicina?

Question

El consenso general parece ser la de uso mixto de los modelos a través de lmer() en R en lugar de la clásica ANOVA (para el a menudo citado razones, como desequilibrada diseños, cruzado de efectos aleatorios, etc.), Me gustaría probarlo con mis datos. Sin embargo me preocupa que sería capaz de "vender" este enfoque de mi supervisor (que está a la espera de análisis clásico con un p-valor en la final) o posterior a los revisores.

Podría recomendar algunos buenos ejemplos de los artículos publicados que utilizan mixto de modelos o lmer() para los diferentes diseños de medidas repetidas o múltiples dentro de - y entre-sujetos de los diseños para el campo de la biología, la psicología, la medicina?

Answer 1

Actualización 3 (Mayo, 2013): Otro muy buen papel en los modelos mixtos en la Psicología fue publicado en la Revista de la Memoria y el Lenguaje (aunque no estoy de acuerdo con las conclusiones de los autores sobre cómo obtener el p-valores, consulte el paquete afex lugar). Muy bien discuten sobre cómo especificar los efectos aleatorios de la estructura. Ir a leer!

Barr, D. J., Levy, R., Scheepers, C., & Tily, H. J. (2013). Los efectos aleatorios de la estructura de confirmación de resultados de pruebas de hipótesis: Mantener la máxima. Diario de la Memoria y el Lenguaje, 68(3), 255-278. doi:10.1016/j.jml.2012.11.001

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Actualización 2 (julio, 2012): Un documento que defiende el uso de (Social) Psicología cuando no se cruzan (por ejemplo, los participantes y los elementos) de efectos aleatorios.
La gran cosa es: Se muestra cómo obtener los valores de p mediante la pbkrtest paquete:

Judd, C. M., Páramos De Poniente, J., & Kenny, D. A. (2012). El tratamiento de los estímulos como un factor aleatorio en psicología social: Una nueva y completa solución de un penetrante pero ignorado en gran medida el problema. Revista de Personalidad y Psicología Social, 103(1), 54-69. doi:10.1037/a0028347
(sólo está disponible como una Palabra .doc)

Jake Westfall me dijo (por correo electrónico) que una alternativa para la obtención de los valores de p para el defendido Kenward-Rogers aproximación de (utilizados en pbkrtest) es el (óptima) Satterthwaite aproximación, que se puede encontrar en la MixMod paquete con la anovaTab función.

Pequeña actualización a la última actualización: Mi paquete de R afex contiene la función mixed() convenientemente para obtener los valores de p para todos los efectos en un modelo mixto. Alternativamente, el car paquete ahora también obtiene los valores de p para los modelos mixtos en Anova() uso de test.statistic = "F"

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UPDATE1: Otro documento en que se describe lme4

Kliegl, R., Wei, P., Dambacher, M., Yan, M., & Zhou, X. (2011). Efectos experimentales y las diferencias individuales en el lineal de los modelos mixtos: la estimación de la relación entre el espacio, el objeto, y la atracción de los efectos en la atención visual. Fronteras en la Psicología Cuantitativa y Medición, 1, 238. doi:10.3389/fpsyg.2010.00238

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Respuesta Original:

No tengo un número de ejemplos, sólo uno (ver más abajo), pero saber un poco de papel se debe citar de la Psicología/Ciencias Cognitivas. El más importante es, sin duda:

Baayen, R. H., Davidson, D. J., & Bates, D. M. (2008). De efectos mixtos de modelado con cruzado de efectos aleatorios para los sujetos y los objetos. Diario de la Memoria y el Lenguaje, 59(4), 390-412. doi:10.1016/j.jml.2007.12.005

Otra de Baayen es:

Baayen, R. H., & Milin, P. (2010). El Análisis De Los Tiempos De Reacción. Revista internacional de la Investigación Psicológica, 3(2), 12-28.

Yo en realidad totalmente gustó su libro, también, que también tiene un buen capítulo de introducción en el modelo mixto (y es bastante barato para un stats libro):
Baayen, R. H. (2008). El análisis de los datos lingüísticos : una introducción práctica a las estadísticas de uso de R. Cambridge, reino unido; New York: Cambridge University Press.

Probablemente me imagino que él también tiene una gran cantidad de documentos utilizando lme4, pero como mi principal interés no es la psicolingüística, puedes querer comprobar su página de inicio.

Desde mi campo (razonamiento), sé de este uno de los papeles que utiliza lme4:

Fugard, A. J. B., Pfeifer, N., Mayerhofer, B., & Kleiter, G. D. (2011). Cómo la gente interpreta las oraciones condicionales: Desplaza hacia el condicional del evento. Journal of Experimental Psychology: el Aprendizaje, la Memoria y la Cognición, 37(3), 635-648. doi:10.1037/a0022329

(aunque tengo la sensación de que el uso de una prueba de razón de verosimilitud para la comparación de modelos que sólo se diferencian en unos parámetros fijos, que he oído no es la manera correcta. Creo que se debe el uso de AIC en su lugar.)

Answer 2

Este es un artículo altamente citado en modelos mixtos para la ecología y evolución:

• Bolker et al (2009) modelos mixtos lineales generalizados: una guía práctica para la ecología y evolución de las tendencias en ecología y evolución Vol. 24 pp127-135 (PDF) (de ScienceDirect con enlaces a contenido adicional).

Answer 3

El siguiente artículo se intenta promover el uso de multinivel modelado en ciencias sociales de la configuración:

• Bliese, P. D. & Ployhart, R. E. (2002). El Crecimiento De Los Modelos Con Azar Coeficiente de Modelos: el Modelo de la Construcción, las Pruebas, y las Ilustraciones, de la Organización de los Métodos de Investigación, Vol. 5 Nº 4, Octubre De 2002 362-387. PDF

Para citar el resumen:

En este artículo, los autores ilustran cómo aleatoria coeficiente de los modelos pueden ser usados para desarrollar los modelos de crecimiento para el análisis de datos longitudinales. En contraste con los anteriores debates de azar coeficiente de modelos, en este artículo se proporciona una guía paso a paso guía de uso una comparación de los modelos de marco. Al acercarse el modelado de esta manera, los autores son capaces de construir a partir de una regresión de la fundación y progresivamente estimar y evaluar modelos más complejos. En el modelo de comparación marco, el artículo ilustra el valor de uso de la probabilidad de pruebas para el contraste de modelos alternativos (en lugar de la típico de la dependencia en las pruebas de significación que involucren individual los parámetros), y proporciona el código de la abrir-fuente del lenguaje R a permitir a los lectores a reproducir los resultados. El artículo concluye con directrices prácticas para la estimación de los modelos de crecimiento.

Un examen de los artículos que figuran en Google Scholar como citar este documento sugieren varios otros útiles conduce.

Answer 4

Es un excelente ejemplo del uso de modelos mixtos en ecología:

• "Demografía y gestión de las especies invasoras Hypericum perforatum. I. uso de niveles múltiples efectos mezclados modelos para caracterizar el crecimiento, supervivencia y fecundidad de un conjunto de datos a largo plazo"(Buckely, Briese y Rees 2003).

Por desgracia utiliza bibliotecas de R mayores.

Answer 5

Estoy leyendo Zuur, A. F., Ieno, E. N., Walker, N., Saveliev, A. A., & Smith, G. M. (2009). De efectos mixtos modelos y extensiones en ecología con R. Nueva York, NY: Springer Science+Business Media, LLC. Está escrito para los ecologistas, por lo que las estadísticas son bastante fáciles de seguir; yo creo que sería útil para la gente de otras disciplinas, como la medicina o la psicología. Hay muchos estudios de caso incluidos, y cada uno tiene una sección detallada sobre cómo escribir las estadísticas en un papel.