Gracias a Andrés, J. M., y David Speyer! La siguiente solución se apoya fuertemente en lo que estas tres ya han publicado.
(En el interés de contar con una solución completa que he añadido el argumento de que obtiene de la OP suma a Andrew de la reformulación de la misma.)
Parte 1: Llegar a Andrew de la función gamma fórmula.Ya que $$\int_0^1\sum_{m=1}^{k-1}\frac1{x+m}\, dx = \sum_{m=1}^{k-1}(\log(m+1) - \log m) = \log k,$$
podemos reescribir la fórmula original como
$$\sum_{k=1}^n \binom{n}{k}(-1)^k \log k=
\sum_{k=2}^n \binom{n}{k}(-1)^k\int_0^1\sum_{m=1}^{k-1}\frac1{x+m}\, dx = \int_0^1 \sum_{m=1}^{n-1} \frac1{x+m} \sum_{k=m+1}^n \binom{n}{k}(-1)^k\, dx.$$
Desde la alternancia de fila suma de los coeficientes binomiales son fáciles de evaluar (ver, por ejemplo, el Concreto de las Matemáticas, la Identidad 5.16), esto se convierte en (y, a continuación, cambiar el índice de vuelta a $k$)
$$\int_0^1 \sum_{m=1}^{n-1} \frac1{x+m} (-1)^{m-1} \binom{n-1}{m}\, dx = \int_0^1 \sum _{k=1}^{n-1}\binom{n-1}{k} \frac{(-1)^{k-1}}{k+x} \, dx$$
$$ = \int_0^1 \left(\frac{1}{x} - \sum _{k=0}^{n-1}\binom{n-1}{k} \frac{(-1)^k}{k+x}\right) \, dx.$$
El resto de binomio de la suma de la realidad es parcial fracciones de la descomposición de $\frac{(n-1)!}{x(x+1)\cdots (x+n-1)}$. (Esta es la identidad 5.41 en Concreto de las Matemáticas. Desde otra perspectiva - también se trata en Concreto de las Matemáticas - el binomio de la suma es de $(-1)^n$ veces $n-1$ diferencia de $\frac{1}{x} = (x-1)^{\underline{-1}}$. La aplicación de la diferencia finita de la regla de los $\Delta x^{\underline{m}} = m x^{\underline{m-1}}$ sucesivamente $n-1$ veces por lo tanto, nos lleva a $\frac{(n-1)!}{x(x+1)\cdots (x+n-1)}$.)
Por lo tanto nuestra suma original es equivalente a
$$\int_0^1 \left(\frac{1}{x} - \frac{(n-1)!}{x(x+1)\cdots (x+n-1)}\right) dx = \int_0^1 \left(\frac{1}{x} - \frac{\Gamma(n) \Gamma(x)}{\Gamma(n+x)}\right) dx,$$
cual es la formula de Andrew menciona en los comentarios.
Parte 2: la Reescritura de la expresión.
Ahora, reescribir así:
$$\int_0^1 \left( \frac{1}{x} - \frac{\Gamma(n) \Gamma(x)}{\Gamma(n+x)} \right) dx = \int_0^1 \left( \frac{1}{x}\left(1- \frac{\Gamma(n) \Gamma(x+1)}{\Gamma(n+x)} \right)\right) dx.$$
Por $0 < x < 1$, $$\Gamma(x+1) = 1 - \gamma x + \frac{\zeta(2) + \gamma^2}{2}x^2 + O(x^3).$$ (Esta es la serie de Maclaurin para $\Gamma(x+1)$; ver la Expresión de 8.321 en Gradshteyn y Ryzhik. La única razón por la que esto es debido a que yo tenía que localizarlo para un artículo que escribí hace un par de años.) También, $$\frac{\Gamma(n)}{\Gamma(n+x)} = n^{-x}\left(1 + O\left(\frac{1}{n}\right)\right).$$ (Véase el DLMF.)
Poniendo todo esto significa que queremos que el valor asintótico de
\begin{ecuación}
\int_0^1 \frac{1-n^{-x}\left(1+ O\left(\frac{1}{n}\right)\right)\left(1 - \gamma x + \frac{\zeta(2) + \gamma^2}{2}x^2 + O(x^3)\right)}{x} dx. \etiqueta{1}
\end{ecuación}
Parte 3: Obtención de la dominante términos.
Siguientes David Speyer y J. M., vamos a extraer lo que resulta ser la parte dominante de (1): $$\int_0^1 \frac{1-n^{-x}}{x}dx = \int_0^1 \frac{1-e^{-x \log n}}{x}dx = \int_0^{\log n} \frac{1-e^{-u}}{u} du = \text{Ein}(\log n),$$
donde $\text{Ein}(x)$ es el complementario integral exponencial. Ahora, $\text{Ein}(x) = E_1(x) + \log x + \gamma$, donde $E_1(x)$ es la habitual integral exponencial (de nuevo, ver la DLMF), y $E_1(x) < e^{-x} \log (1 + 1/x)$ (DLMF una vez más), por lo que poner todo esto junto nos han
$$\int_0^1 \frac{(1-n^{-x})}{x}dx = \log \log n + \gamma + O\left(\frac{1}{n}\right).$$
Parte 4: la Obtención de los términos restantes.
Ahora consideramos el resto de (1). Este es
$$\left(1+ O\left(\frac{1}{n}\right)\right)\int_0^1 n^{-x}\left(\gamma \frac{\zeta(2) + \gamma^2}{2}x + O(x^2)\right) dx$$
$$=\left(1+ O\left(\frac{1}{n}\right)\right)\left(\gamma \left(\frac{n-1}{n \log n}\right) - \frac{\zeta(2) + \gamma^2}{2}\left(\frac{n - \log n -1}{n (\log n)^2}\right) + O\left(\frac{1}{(\log n)^3}\right)\right)$$
$$a=\frac{\gamma }{\log n} - \frac{\zeta(2) + \gamma^2}{2(\log n)^2} + O\left(\frac{1}{(\log n)^3}\right),$$
que es el resto de la expresión solicitada por el OP.