Las direcciones MAC no tienen nada que ver con la capa PHY. Son relevantes en la capa MAC, que es por supuesto la razón por la que se llaman direcciones "MAC" en primer lugar.
Se supone que cada MAC ethernet tiene una dirección global única de 48 bits. Supongo que sería posible para un fabricante crear MACs con direcciones incorporadas y luego serializarlas en producción. Sin embargo, no tengo conocimiento de que esto se haga para MACs o MAC/PHYs. Algunos módulos lo hacen ya que tienen su propio procesador y EEPROM.
Normalmente la MAC tiene registros que son programados con la dirección MAC por el controlador durante la inicialización del sistema. Ese controlador suele leer la dirección MAC asignada de algún tipo de memoria no volátil que se personaliza durante la producción.