Anidado/SplitModel - RepeatedMeasures/modelo mixto de ANOVA: niveles de anidamiento y de secuencias de comandos en R

Question

Mi conjunto de datos tiene las siguientes variables:

• Tratamiento (4 tipos fijos)
• Ubicación (8 localidades fijo)
• Posición en la Ubicación (3 posiciones por ubicación fija)
• Se toman muestras en cada posición (3 muestras por posición aleatoria)
  • Tiempo (dos tiempos de muestreo fijo)
  • La tasa de mineralización (como resultado de los análisis de las muestras tomadas)

Dos lugares son utilizados para la prueba de cada tratamiento (es decir, 4 tratamientos, 2 puntos por cada tratamiento, 8 localidades en total).

Quiero hacer un split-plot (/anidados?) de medidas repetidas (/modelo mixto?) ANOVA en R el uso de las variables anteriormente mencionadas.

P. 1. ¿Es esto adecuado?

Mi objetivo es ver si hay un efecto de 1) la posición, 2) el tratamiento, 3) el tiempo y 4) la interacción de todos (es decir, pos*tratar*, pos*tiempo, tratar*tiempo, pos*tratamiento*tiempo) sobre la mineralización de las tasas.

Q 2. Es la ubicación anidado en el tratamiento? Se muestra anidada en la posición?

Q 3. ¿Cuáles son los entre y dentro de los factores?

P 4. ¿Cuál es el tema/trama? - Es la ubicación o posición o de la muestra o de la tasa?

Q 5. ¿Cómo puedo poner el tiempo como medidas repetidas en mi R la fórmula?

Q 6. Se debe utilizar el aov, lme, o ezANOVA?

P 7. ¿Cómo puedo código de las distintas variables independientes, y sus interacciones en R de la fórmula?

Yo, literalmente, han estado tratando de averiguar esto por días y me parece no puede encontrar una respuesta que tenga sentido...

Answer 1

Problema difícil! Es la ubicación fija o aleatoria? Es la posición fija o aleatoria? Supongo que la muestra es aleatoria.

• Ya que el tratamiento es asignado a la ubicación, la ubicación es la unidad de muestreo. Básicamente, la comparación entre los tratamientos se hace en ese nivel. $n=8$.
• La unidad de medición es la observación de que usted tome en su "muestras" en un momento dado.
• La ubicación no está anidado en el tratamiento. El tratamiento se aplica a la ubicación.
• La posición está anidada dentro de la ubicación.
• La muestra está anidada dentro de la posición.
• El tiempo está anidada dentro de la Muestra.
• El tiempo se cruza con el tratamiento.

Tiene 3 niveles de anidamiento (tiempo dentro de la muestra, la muestra dentro de la posición, la posición dentro de la ubicación).

Si la ubicación, posición y muestra al azar, creo que la R de la fórmula tendrá este aspecto:

 Y ~ Treatment * Time +(1|location|position|sample)

Tiene 1 fila en el marco de datos para cada observación de la muestra en cada momento - con los códigos apropiados para todas sus características de diseño.

Es trabajar para combinar las medidas repetidas en una puntuación como la de su medio o su diferencia? Que podría hacer que el modelo sea más fácil de interpretar.