No, no es necesario que los imanes permanentes pierdan energía interna o fuerza cuando se utilizan para realizar un trabajo. A veces pueden debilitarse, pero no tienen por qué hacerlo.
La energía necesaria para realizar el trabajo se extrae de la energía almacenada en el campo magnético (principalmente fuera de los imanes), $\int B^2/2$ Si los imanes se colocan en su lugar original, la energía se devuelve de nuevo al campo magnético. El proceso puede ser completamente reversible y, en la mayoría de los casos, lo es.
Imagina dos imanes (finos) en forma de disco con el Norte en la parte superior y el Sur en la inferior. Si los colocas uno encima del otro, el campo magnético en las proximidades de los discos es casi el mismo que el campo magnético de un disco: la misma fuerza, la misma energía total.
Sin embargo, estos dos discos se atraen porque si quieres separarlos en la dirección vertical, estás aumentando la energía. En concreto, si los separas a una distancia mucho mayor que el radio de la base del disco, el campo magnético total alrededor de los imanes parecerá dos copias del campo de un imán singlete y la energía se duplica.
Si los imanes están cerca, la energía magnética es $E$ Si están muy lejos en la dirección vertical, es $2E$ . Se puede considerar que esta energía dependiente de la posición es una forma de energía potencial (aunque hay algunos problemas con esta interpretación en el caso magnético cuando se consideran configuraciones más generales: en particular, una descripción de la energía potencial se hace imposible si se incluyen también las cargas eléctricas), energía potencial que es análoga a la gravitatoria. La energía potencial gravitatoria puede utilizarse para realizar un trabajo, pero puede recuperarse si se realiza un trabajo sobre ella (piensa en una presa de agua en la que se puede bombear agua hacia arriba o hacia abajo). Nada intrínseco tiene que cambiar en los objetos (agua) y lo mismo ocurre con los imanes.
Permítanme mencionar que para un pequeño imán con momento magnético $\vec m$ en un campo magnético externo mayor, la energía potencial es simplemente $$ U = -\vec m\cdot \vec B $$ Independientemente del campo magnético en otros puntos, la energía potencial viene dada simplemente por $\cos\theta$ a partir de la orientación relativa del momento magnético y del campo magnético externo (veces el producto de los valores absolutos de ambos vectores).