Supongamos que queremos generar confórmeros de moléculas (por ejemplo, los ligandos para el acoplamiento de una proteína de bolsillo).
Hay una fórmula, como una función del número de enlaces rotables, para decidir cómo muchos de los confórmeros (máximo) para generar una molécula dada ?
Yo no he visto ninguna riguroso de evaluación comparativa o directrices.
Considerar que el número total de confórmeros se va para arriba como $3^n$ donde $n$ es el número de enlaces rotables, y ~3 es el número aproximado de simétricamente único confórmeros para cada rotativo de bonos.
Para moléculas pequeñas con <3-4 enlaces rotables, utilizando el 100 confórmeros parece ser suficiente (me.e, sólo una pequeña desviación de la estructura cristalina de la geometría). Hay una discusión más completa en Ebejer del papel "Libremente disponibles conformador de los métodos de generación: ¿cómo están?": J Chem Inf Modelo. 2012 52(5) pp 1146.
(Diapositiva de Jean-Paul Ebejer)
Más allá de 3-4 bonos, es menos claro si el muestreo más confórmeros es una clara victoria. Me imagino que la respuesta es "sí", pero no he visto ningún tipo de papeles (todavía) el trato con tales flexible moléculas. Lo que uno puede necesitar mejores herramientas, y también mejores campos de fuerza o de los métodos de cálculo.
En el aislamiento, la enumeración muy grande conformador de bases de datos no tienen sentido. Un mejor enfoque sería muestra de rigor, pero que mirar con cuidado que de plumas son "el mismo", basada en un rmsd de corte. También yo estaría cauteloso de la inclusión de los confórmeros con muy alta energía. Para definir una ventana de energía, digamos 10 kcal/mol y una similitud de corte temprano.
@Francois, me he topado con el mismo problema, mientras que la de ser un recién llegado a la química computacional. Sin embargo, tengo el placer de acceso a los Espartanos y de Gauss en la escuela - y GAMESS en casa. Permítanme compartir ¿qué es el método que yo he venido a favor de los últimos tiempos. Tenga en mente, puedo estar equivocado, pero yo podría ser correcta.
Yo soy la investigación de compuestos fenólicos con alquilo colas de no más de cinco carbonos de largo. En Spartan, voy a cambiar los ángulos de torsión de su defecto de 180 o 120 grados(es decir, 2 o 3 veces) a cuarenta grados. También he aprendido que en las versiones anteriores de Spartan, no existía una palabra clave "a fondo", que aumentaría automáticamente el número predeterminado de torsiones por 3 - esto me hizo sentir más cómoda la elección de 9 a través de la junta. Lo que me he encontrado con estos alquilo colas - especialmente para butilo y de isoamilo, como usted probablemente puede imaginar - muy pocos los confórmeros se produce.
Esencialmente, estoy después de las diferentes conformaciones de los grupos-OH ya estoy mirando las energías de disociación de enlace, y se dio cuenta de que los enlaces de hidrógeno se afectan diferencialmente a polyhydroxylated compuestos en formas que requieren una atención especial. La conformación de la alquilo colas no significan mucho para lo que estoy haciendo, así que simplemente hay que ver el confórmeros que son los más bajos en la "cola" de la energía" y librar a mi conjunto de los que tienen aproximadamente igual -OH orientación, pero con diferentes cola de orientación. Esto me permite localizar muchos de los confórmeros de grupos-OH, todos con la más baja de la "cola" de la energía". Sigo los confórmeros, por supuesto, y realizar semi-empíricos restringido Hartree-Fock cálculos, hasta ahora con 3-21+G* conjunto de base, que me proporcione más información sobre el equilibrio de la geometría antes de continuar con el nivel más alto de la teoría de Gaussian 09.
Aquí es el trampolín, y sobre todo el motivo de mi post - Spartan también permite mostrar el promedio ponderado de Boltzmann probabilidades (terminología?), o, más bien, la ecuación discutido aquí, y especialmente aquí, para encontrar que los confórmeros tienen más probabilidades de existir. Todavía tengo que decidir en qué probabilidad de veras puedo soltar uno de mis preferidos confórmeros, pero por el bien de la discusión, me acaba de soñar por un momento que P<0.05 sería más que suficiente razón para dejar un ajustador (por razones obvias en el contexto).
No quiero decir mucho más, en la cuenta de mi falta de experiencia, pero espero que le han proporcionado alguna información, en la falta de una ecuación matemática de que OP preguntó.
I-Ciencias es una comunidad de estudiantes y amantes de la ciencia en la que puedes resolver tus problemas y dudas.
Puedes consultar las preguntas de otros usuarios, hacer tus propias preguntas o resolver las de los demás.
