Es una interacción entre el viento y la costa, y las leyes básicas de la reflexión.
Como puedes ver en tu foto, donde la superficie del agua está quieta, se ve una imagen reflejada de la línea del horizonte: más clara para el cielo, más oscura para los edificios.
Cuando la superficie del agua se ondula, se obtienen reflejos "de todas partes", algunos del cielo, otros de los edificios, etc., que en promedio son más oscuros que el cielo brillante.
Otro factor relacionado con esto: cuando se observa una superficie ondulada, la ángulo medio que se ve es menor que si se mira una superficie lisa. Imagínese una onda sinusoidal lisa: cuando mira desde un lado, ve más superficie "de cara a usted" y menos superficie "de espaldas". Ahora bien, las ecuaciones de Fresnel nos hablan del coeficiente de reflectividad en función del ángulo, y si no tenemos en cuenta la polarización, la reflexión aumenta cuando el ángulo de incidencia es más oblicuo.
En la superficie ondulada el ángulo medio de incidencia es menos oblicuo y se ve menos el reflejo del cielo. Por eso estas manchas parecen más oscuras:
Para ángulos mayores $\theta$ el coeficiente de reflexión es mayor - pero cuando miras las ondas, puedes ver que "favoreces" el agua que está de cara a ti más directamente - esto significa que ves menos reflejo, y estás mirando más "a través de la superficie a lo profundo de abajo" que "a un reflejo del cielo".
Por cierto, las ecuaciones de Fresnel se pueden encontrar en esta página de Wikipedia donde también se encuentra este diagrama. Aquí, $R_p$ y $R_s$ son los coeficientes de reflexión para diferentes ángulos de polarización. Aunque la polarización cambiará en el cielo a lo largo del día (la dispersión simple de Rayleigh deja la luz polarizada), en promedio se puede ignorar su efecto para entender esta explicación:
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A menudo deseaba que fueran peces, pero en mi experiencia generalmente eran reflejos o sombras de nubes...
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La pregunta es: ¿por qué el agua cambia de textura? Lo publiqué como una pregunta relacionada: physics.stackexchange.com/q/348550