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Completa sustantivo ejemplos de reproducir la investigación mediante R

La Pregunta: ¿existen buenos ejemplos de investigación reproducible utilizando R, que está libremente disponible en línea?

Ejemplo Ideal: Específicamente, ideal ejemplos proporcione:

  • Los datos en bruto y lo ideal sería que los meta datos que expliquen los datos),
  • Todos los R código, incluyendo la importación de datos, procesamiento, análisis y generación de salida,
  • Sweave o algún otro enfoque para la vinculación de la final de salida para el documento final,
  • Todo ello en un formato que es fácilmente descargable y compilable en un lector del ordenador.

Idealmente, el ejemplo sería el de un artículo de revista o una tesis donde el énfasis está en una real aplicada tema en contraposición a una estadística de la enseñanza de ejemplo.

Razones de interés: Estoy particularmente interesado en aplicar temas en artículos de revistas y tesis, porque en estas situaciones, hay varias cuestiones que se plantean:

  • Surgen problemas relacionados con la limpieza de datos y el procesamiento,
  • Surgen problemas relacionados con la gestión de metadatos,
  • Revistas y tesis a menudo tienen la guía de estilo de las expectativas con respecto a la apariencia y el formato de tablas y figuras,
  • Muchas revistas y tesis a menudo tienen una amplia gama de análisis que plantean problemas respecto de flujo de trabajo (es decir, cómo los análisis de la secuencia) y el tiempo de procesamiento (por ejemplo, problemas de almacenamiento en caché de análisis, etc.).

Ver trabajo completo de ejemplos podría proporcionar un buen material didáctico para los investigadores de comenzar con la investigación reproducible.

15voto

Jay Puntos 395

Frank Harrell ha estado golpeando el tambor en reproducible informes y trabajos de investigación durante muchos, muchos años. Usted podría comenzar en esta página de la wiki que las listas de un montón de otros recursos, incluyendo la investigación publicada y también cubre Charles Geyer de la página.

12voto

samiq Puntos 1128

El diario Bioestadística tiene un Editor Asociado para la Reproducibilidad, y todos sus artículos están marcados:

Reproducible De Investigación

Nuestro reproducible de la política de investigación es para artículos en la revista para ser kite-marcada D si los datos en que se basan, son libremente disponible, C si los autores de código está libremente disponible, y R, si tanto los datos y el código están disponibles, y nuestro Editor Asociado para La reproducibilidad es capaz de utilizar estos para reproducir los resultados en el de papel. Los datos y el código está publicado electrónicamente en la revista sitio web como Materiales Complementarios.

http://biostatistics.oxfordjournals.org/

Cómo una buena idea es que?

http://biostatistics.oxfordjournals.org/content/12/1/18.abstract viene con un paquete de R en el supplementaries que hace el análisis - no lo he probado yo mismo todavía. También, no se puede averiguar dónde está la apertura de clasificación se especifica. Soy de correo electrónico al editor asociado con algunas de las preguntas...

[editar]

Roger Peng editor asociado me dice que probablemente no hay manera de encontrar la reproducibles papeles sin conseguir el PDF. Él me señaló a este que tiene una grande y bonita 'R' (lo cual no significa que el R-rated, como películas) para la reproducibilidad:

http://biostatistics.oxfordjournals.org/content/10/3/409.abstract

Por supuesto, el diario en sí no es gratis... #fail

Barry

10voto

Binarytales Puntos 1145

Irreproducibility de NCI60 Predictores de la Quimioterapia

Este es un reproducible análisis mostrando la falta de reproducibilidad de un papel que ha estado en las noticias. Un ensayo clínico se basa en falsas conclusiones de la irreproducibles papel fue suspendido, reinstalado, suspendido de nuevo, ... Es un buen ejemplo de análisis reproducibles en las noticias.

9voto

Eric Davis Puntos 1542

Koenker y Zeileis proporcionar una página web con un relativamente completo de ejemplo. Compartir:

  • Rnw (Sweave código)
  • R código de análisis
  • PDF Final
  • Discusión de problemas de control de versión

8voto

Eggs McLaren Puntos 945

Le escribí un artículo explicando cómo utilizar R/Bioconductor cuando el análisis de datos de microarrays. El documento fue escrito en Sweave y todo el código utilizado para generar los gráficos se incluye como material complementario.

Gillespie, C. S., Lei, G., Chicos, R. J., Greenall, A. J., Wilkinson, D. J., 2010. El análisis de la levadura curso de tiempo de datos de microarrays mediante BioConductor: un estudio de caso de uso yeast2 Affymetrix matrices de BMC Research Notes, 3:81.

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