Si quiero trabajar con un componente aislado que no tenga demasiados pines (digamos menos de 40), utilizo una placa breakout. Cuando se trata de más, se vuelve poco práctico, porque hay que enganchar tantos cables de los breakouts a la protoboard que el desorden hace que sea muy probable que te equivoques. Lo que hago a veces es hacer una placa "parcial", en la que tengo los componentes de alta densidad interconectados y engancho sólo sus extremos (normalmente uno o dos puertos SPI) a la protoboard. Hago las placas yo mismo en la primera ronda de diseño, y la fabrico cuando llego al diseño final - o a veces cuando la placa prototipo es demasiado compleja y no puedo hacerla yo mismo.
Conozco dos buenas formas de hacer PCB en casa. Una es con papel de transferencia de tóner y la otra es con PCBs fotosensibles.
Con el primero imprimes tu PCB en ese papel especial usando una impresora láser, y luego presionas este papel contra la placa usando una fuente de calor (puede ser una plancha vieja). Después de eso se utiliza agua para lavar el papel y el tóner se adhiere al cobre, listo para grabar.
Con la placa fotosensible imprimes el circuito en una lámina transparente, la colocas en la placa y la expones a la luz ultravioleta; luego aplicas un revelador y de nuevo está lista para grabar.
El primer método es más barato (asumiendo que ya tienes una impresora láser) pero encontré que el límite para las vías es de unos 0,5 mm. Con el segundo puedes tener 0,3 mm.
Algunos enlaces:
http://www.pulsarprofx.com
http://www.injectorall.com
