Una razón por la que podrías pensar que $T$ debería medirse en Julios es la idea de que la temperatura es la energía promedio por grado de libertad en un sistema. Sin embargo, esta es solo una aproximación. Esa definición correspondería a algo proporcional a $\frac{U}{S}$ (energía interna sobre entropía) en lugar de $\frac{\partial U}{\partial S}$, que es la verdadera definición. La aproximación se cumple en casos donde el número de grados de libertad no depende mucho de la cantidad de energía en el sistema, pero para sistemas cuánticos, especialmente a bajas temperaturas, puede haber bastante dependencia.
Si aceptas que $T$ está definido como $\frac{\partial U}{\partial S}$ entonces la pregunta es si debemos tratar la entropía como una cantidad adimensional. Esto es ciertamente posible, como dices.
Pero para mí hay una muy buena razón práctica para no hacerlo: la temperatura no es una energía, en el sentido de que no tiene sentido, en general, sumar la temperatura a la energía interna de un sistema o igualarlas. Las unidades son una herramienta útil para evitar que accidentalmente intentes hacer algo así.
En la relatividad especial, por ejemplo, tiene sentido hacer $c=1$ porque entonces sí tiene sentido igualar una distancia a un tiempo. Al hacer eso, simplemente estás diciendo que el camino entre dos puntos es tipo luz.
Pero $T=\frac{\partial U}{\partial S}$ mide el cambio en energía con respecto a la entropía. La entropía y la energía son cantidades extensivas, mientras que la temperatura es una intensiva. Esto significa que no tiene mucho sentido igualarlas sin incluir también algún factor no constante relacionado con el tamaño del sistema. Por esta razón, es muy útil mantener la constante de Boltzmann.
Mi forma favorita personal de hacerlo es medir la entropía en bits, de modo que $k_B = \frac{1}{\ln 2} \,\mathrm{bits}$ y las unidades de temperatura son $\mathrm{J\cdot bits^{-1}}$. Tener entropía en lugar de temperatura como la cantidad con la unidad fundamental tiende a hacer mucho más claro lo que está sucediendo, y los bits son una unidad bastante conveniente en términos de construir una intuición sobre la relación con la teoría de la probabilidad.
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Mejor aún, podríamos expresarlo en términos de la temperatura de Planck. Entonces sería adimensional.
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Puedes razonar lo mismo para todo. La masa en términos de la masa de Planck ($m_P\frac{\hbar}{\ell_P c_0^2}$) es adimensional. La acción en términos de la constante reducida de Planck $\hbar$ o la constante de Planck es adimensional. La energía en términos de la Energía de Planck es adimensional. La velocidad en términos de la velocidad de la luz ($\frac{\ell_P}{t_P}$) es adimensional, la distancia/longitud en términos de la longitud de Planck/longitud de cuerdas es adimensional, el tiempo en términos del tiempo de Planck/longitud de cuerdas dividido por la velocidad de la luz es adimensional, la entropía en términos de la constante de Boltzmann $k_B$ (esto es lo que estás haciendo) etc... .
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Ten en cuenta que hay otro duplicado de esta pregunta, también muy votado, en el que se llega exactamente a la conclusión opuesta: physics.stackexchange.com/questions/231017/….